Здесь будет эмблема,извините за недоработку

Третий семестр

KEGG

Значение кода фермента

Фермент: DCDA_ECOLI(Diaminopimelate decarboxylase)
EC=4.1.1.20
EC 4:Lyases(лиазы);
EC 4.1: Carbon-Carbon Lyases(Углерод-Углелерод лиазы);
EC 4.1.1: Carboxy-Lyases(Карбокси лиазы)
EC 4.1.1.20: diaminopimelate decarboxylase(диаминопимелат декарбоксилаза) Reaction: meso-2,6-diaminoheptanedioate = L-lysine + CO₂

Определение метаболических путей с участием заданнного фермента

eco00300 Lysine biosynthesis(Биосинтез Лизина)

Нахождение в KEGG структурных формул заданных соединений

hydroxypyruvate (гидроксипируват)C00168

Нахождение метаболического пути от одного заданного вещества к другому

Выбранная цепочка ферментативных реакций:
путь: метаболизм глицина, серина и треонина
цепочка: 3-Гидроксипируват<->L-серин

Сравнение метаболических путей в различных организмах

Возможность выбранной цепочки ферментативных в разных организмах с известными полными геномами.
Организм	Возможна ли цепочка реакций (да/нет/неизвестно)	Обоснование
Escherichia coli K-12 MG1655	Да, только в прямом направлении(в 5стадий)	присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
Archaeoglobus fulgidus	Нет	Нет
Arabidopsis thaliana	Да(в 1 стадию)	присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
Homo sapiens	Только в обратном направлении(в 1 стадию)	присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций

Сравнение ферментов далеких организмов

Был выдан EC-код: 2.5.1.46
С помощью одного запроса к SRS нашли ферменты с заданным EC-кодом у человека и археи Archaeoglobus fulgidus (окончание имени "_ARCFU").

Опция использования маски (Use wildcards) была снята, чтобы находились только ферменты с кодом 2.5.1.46, а не 2.5.1.46*, так как теоретически возможны порядковые номера вида 46X, где X - цифра.
В данном случае использование или неиспользование маски не повлияло на результат, так как ферментов с такими порядковыми номерами в данном подподклассе не нашлось.

([uniprot-ECNumber:2.5.1.46] & ([uniprot-ID:*_human] |  [uniprot-ID:*_ARCFU]))

Нашлось 3 белка, из которых 2 принадлежат археям, 1 - человеку.

DHYS1_ARCFU
DHYS2_ARCFU
DHYS_HUMAN

В парном выравнивании DHYS1_ARCFU и DHYS2_ARCFU Identity = 39%

Сравнение доменной организации найденных белков

В позиции 269 белка DHYS1_ARCFU и в позиции 259 белка DHYS2_ARCFU находится предсказанный UniProt активный сайт (нуклеофильный).
В позиции 329 белка DHYS_HUMAN находится активный сайт (нуклеофильный).

Длины доменов DS в белках архей составляют 283 и 286 аминокислотных остатков, длина домена DS человеческого белка составила 315 аминокислотных остатков.

Более сходными по доменной структуре являются находки, относящиеся к археям.

Для дальнейших исследований выберем белок DHYS2_ARCFU из архей.
Белок DHYS1_ARCFU имеет ту же ферментативную функцию, что и белок DHYS2_ARCFU (EC 2.5.1.46).

Выравнивание гомологичных доменов из археи и человека

Identity:      77/325 (23.7%)
Similarity:   146/325 (44.9%)
Gaps:          49/325 (15.1%)

Поиск ортологов

Лучший ортолог для белка архей DHYS2_ARCFU - tet:TTHERM_00819550, соответствует организму Tetrahymena thermophila (Тетрахимена).
Процент совпадения: 27.7% Длина выравнивания: 404 аминокислотных остатка

Лучший ортолог для человеческого белка DHYS_HUMAN - mvn:Mevan_1142, соответствует организму Methanococcus vannielii.
Процент совпадения: 45.1% Длина выравнивания: 335 аминокислотных остатка

Оба предполагаемых ортолога сохранили ферментативную функцию исходных белков (EC 2.5.1.46).
В ходе обоих поисков были найдены ортологи, относящие к другим классам организмов, нежели исходные архея и эукариот (человек).

Однако эти два белка (DHYS2_ARCFU и DHYS_HUMAN) сохранили свою ферментативную функцию и имеют сходную доменную структуру.
Вероятно, эти белки являются ортологами.

Главная

Второй Семестр