Здесь будет эмблема,извините за недоработку

Третий семестр
Главная
Первый семестр
Второй семестр
Третий семестр

Pfam

Описание доменной структуры белка по данным Pfam

Доменная структура белка xxxх_Ecoli по данным Pfam
Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства домена Положение в последовательности белка хххх_Ecoli Клан
1. PF02784 Orn_Arg_deC_N Пиродоксальзависимая декарбоксилаза, пиродоксал связывающий домен 32-276 Клан TIM_barrel (CL0036),
содержит 54 сем-ва,
у 5-ти неизвестна функция
(PFAM ID начинается с DUF)
2. PF00278Orn_DAP_Arg_deCПиродоксал-зависимая декарбоксилаза, C-концевой листовой домен279-397-

выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена

здесь

Сравние описания доменной структуры в Pfam с описанием в других БД


(БД SPRINT)
(подпись интересна тем, что состоит из мотивов, а не из доменов, причем 4-й пересекает оба домена. Это связано,с тем, что эти два домена в множестве последовательностей консервативно связаны)

Сопоставление доменной структуры с 3D структурой заданного белка


Orn_Arg_deC_N(Зеленый)PDB ID: 1knw; PDB CHAIN A; PDB residues 32-276
Orn_DAP_Arg_deC(Красный)PDB ID: 1knw; PDB CHAIN A; PDB residues 279-397
1-й домен полностью соответствует, второй скорее всего включает в себя спирали, и листы расположенные на C- конце, и не идентифицированные, как принадлежащие этому домену.

Исследование эволюции отдельных доменов

Представленность домена PF02784 в организмах разных видов
Таксон
Количество белков с доменом PF02784.
Эукариоты Зеленые растения 14
Грибы 102
Животные 1084
Остальные эукариоты 294
Бактерии 2607
Археи 56

PF02784 широко распространен среди Бактерий и Животных.

Представленность домена PF00278 в организмах разных видов
Таксон
Количество белков с доменом PF00278.
Эукариоты Зеленые растения 14
Грибы 100
Животные 164
Остальные эукариоты 181
Бактерии 2756
Археи 56

Распрастранен схоже с Orn_Arg_deC_N за исключением того, что меньше распространен у животных.

в скольких разных белках Escherichia coli K12 встречаются домены, представленные в заданном белке

Представленность изучаемых доменов в белках Escherichia coli (strain K12)

№ PFAM ID Количество белков в Escherichia coli (strain K12)
1. Orn_Arg_deC_N 2
2. Orn_DAP_Arg_deC 2

Примеры доменных перестроек


DCDA_ECOLI домены Orn_Arg_deC_N и Orn_DAP_Arg_deC, наиболее часто встречающающееся сочетание этих доменов (2921 последовательность).

B3SF67_TRIAD домен Orn_Arg_deC_N встречается в редких случаях (1 последовательность) на C-конце белка.

A7A6V4_BIFAD домен Orn_Arg_deC_N может претерпевать разрыв (19 последовательностей).

Q47510_ECOLX домен Orn_Arg_deC_N может находиться на N конце, а домен Orn_DAP_Arg_deC отсутствовать (6 последовательностей).

Q92TG9_RHIME домен Orn_DAP_Arg_deC может находиться на C конце, а домен Orn_Arg_deC_N отсутствовать(272 последовательности).

C1YAY0_9ACTO домен Orn_DAP_Arg_deC может находиться не на C конце (2 последовательности).

B6HUY7_PENCW Orn_Arg_deC_N находится внутри Orn_DAP_Arg_deC: невозможно разделить (1 последовательность).
Вывод: вероятно Orn_Arg_deC_N и Orn_DAP_Arg_deC близкие ортологи, это обясняет почему в большинстве случаев они встречаются вместе и Orn_Arg_deC_N на N конце, а Orn_DAP_Arg_deC на C конце.
Главная Второй Семестр