Здесь будет эмблема,извините за недоработку

Работа в командной строке Linux
Главная
Первый семестр
Второй семестр
 1. команда ls Выводит список файлов и директорий вложеныхв директорию, в которй в данный момент находимся
2. команда ls .. Выводит список файлов и директорий вложеныхв директорию, в которую вложена директория в которой в данный момент находимся
3. cd .. - перешли на уровень выше; ls - где-то мы это уже видели, а почему мирослав весь такой зеленый?
4. повторяем пункт 3 n раз и выходим в корень.
5. more выводит последовательность из файла.
6. history выводит список использованных команд, стрелки используются для вывода предыдущей и следующей команды соответственно.
7. файл ihfb_ecoli.entret содержит полную запись этого белка из банка SwisProt
1)Выравнивание глобальное(needle), Gap opening penalty [10.0]; Gap extension penalty [0.5];
Кликнете здесь, чтобы открыть файл в формате msf 2)Выравнивание глобальное(needle), Gap opening penalty [20.0]; Gap extension penalty [1.0];
Кликнете здесь, чтобы открыть файл в формате msf 3)Выравнивание локальное(water), Gap opening penalty [10.0]; Gap extension penalty [1.0];
Кликнете здесь, чтобы открыть файл в формате msf 4)Выравнивание локальное(water), Gap opening penalty [20.0]; Gap extension penalty [1.0];
Кликнете здесь, чтобы открыть файл в формате msf 5)Выравнивание локальное(water), Gap opening penalty [50.0]; Gap extension penalty [0.2];
Кликнете здесь, чтобы открыть файл в формате msf
  1. вопрос:"есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных глобальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности?"
    ответ: ДА f.e. в выравнивании 1) в 14 позиции выравнивания L6:IHFB_ECOLI сопоставлена I14:DBH_BORBU, а в выравнивании 2 в 18 позиции выравнивания L6:IHFB_ECOLI сопоставлена I18:DBH_BORBUэто связано с уменьшением количества "внутренних" гэпов из за увеличения штрафов кстати по этой же причине уменьшилось число совпадений а. о. в 2) по отношению к 1)
  2. вопрос:"есть ли хотя бы один пример того, что в одном глобальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск?"
    ответ: ДА f.e. в 1) в 12 позиции выравнивания S12:DBH_BORBU сопоставлена S4:IHFB_ECOLI а в 2) - гэп. Комментарии - в предыдущем вопросе.
  3. вопрос:"есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных локальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности?"
    ответ: ДА f.e. в выравнивании 5) в 26 позиции I34:DBH_BORBU сопоставлена I25:IHFB_ECOLI, а в 3) I34:DBH_BORBU соотвнтствует V30:IHFB_ICOLI
  4. вопрос:"есть ли хотя бы один пример того, что в одном локальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск?"
    ответ: ДА f.e. в выравнивании 5) в 10 позиции I18:DBH_BORBU сопоставлена L18:IHFB_ECOLI, а в 3) I18:DBH_BORBU соотвнтствует гэп
  5. вопрос:"соответствуют ли оптимальные локальные выравнивания, построенными с использованием разных параметров, одним и тем же фрагментам последовательностей?"
    ответ: НЕТ У них имеются некие общие участки однако как видно из рисунков границы выравниваний различны.
  6. вопрос:"совпадают ли локальные выравнивания с соответствующими частями глобальных выравниваний?"
    ответ: ДА
Главная Второй семестр