Здесь будет эмблема,извините за недоработку

Шестой семестр

Результаты упражнений

Abinitio вычисления для нафталина и азулена

Из smi записей Нафталина и Азулена были получен pdb.

плоские, как и ожидалось.
В результате получили два файла:
nap_opt.out
azu_opt.out.
Создадим входные файлы для оптимизации геометрии средствами GAMESS.
nap_opt.inp
azu_opt.inp

2. Проведем оптимизацию геометрии для обоих молекул. Запустим GAMESS следующим образом:

 gms nap_opt.inp  1 >& nap_opt.log 
 gms azu_opt.inp  1 >& azu_opt.log

Получили:
nap_opt.log
azu_opt.log
Оптимизация проводилась с базисом N31

Составим новые входные файлы для расчёта энергии. Теперь надо будет построить по два файла на каждую молекулу, в первом случае расчёт методом Хартри-Фока, а во втором, используя теорию функционала плотности. Рассчитаем четыре системы: два способа на каждую молекулу. Получили:
Нафталин_Хартри-Фок
Азулен_Хартри-Фок

Нафталин_функционал плотности
Азулен_функционал плотности

Найдем в log файлах расчёта энергии значения этой энергии и в таблицу:

Вещество Хартри-Фок DFT

Нафтален -383.3546611998 -385.6400108661

Азулен -383.2824690384 -385.5857491497

Δ, Hartree 0.0722 0.0543

Δ, kCal/mol 45.3062 34.0738

Т.к. из эксперимента известно, что энергия изомеризации нафталина в азулен составляет 35.3±2.2 kCal/mol, то метод теории функционала (dft) лучше (результат ближе к экспериментальному значению).

Главная

Шестой Семестр

H1>