| Описание поля | Метка поля | Содержание |
| Коды доступа ("Accession number") | AC | P13001; Q2M777 |
| Идентификатор записи в БД | ID | BIOH_ECOLI |
| Название, краткое описание белка | DE | Полное: карбоксилэстераза bioH;
EC=3.1.1.1; Альтернативное имя: белок биотинового синтеза bioH |
| Дата создания документа | DT | 01-JAN-1990, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot 01-JAN-1990, sequence version 1 |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 20-JAN-2009, entry version 80 |
| Число публикаций, использованных при создании документа | RT | 1 |
| Журнал и год самой поздней публикации | RL | Science 277:1453-1474(1997) |
| Ключевые слова | KW | 3D-structure; Biotin biosynthesis; Complete proteome; Cytoplasm; Hydrolase; Serine esterase |
| Комментарии | CC | Функция: показывает активность карбоксилэстеразы преимущественно для короткой алифатической цепи эфиров жирных кислот (углеродная цепочка длиной до 6 углеродов). Также проявляет слабую активность тиоэстеразы. Может образовывать комплекс с CoA (коэнзим А), может участвовать в реакции между СоА и пимелиновой кислотой с образованием пимелоил-СоА,
предшественника биотина в биосинтезе. Каталитическая активность: карбоновый эфир + вода = спирт + карбоксилат. Регуляция энзима: сильно ингибируется фенилметилсульфорилфлюоридом (PMSF). Биофизикохимические характеристики: кинетические параметры: KM=0.29 mM для pNP-ацетата; KM=0.35 mM для pNP-пропионата; KM=0.33 mM для pNP-бутирата; KM=0.25 mM для pNP-капроата (соль карбоновой кислоты); KM=0.60 mM для pNP-лауриата; Внимание: наибольшая каталитическая активность была обнаружена с pNP-ацетатом, затем с pNP-пропионатом, pNP-бутиратом и pNP-капроатом. Зависимость от рН: оптимальное значение рН – 8.0-8.5 Субъединица: мономер. Внутриклеточное расположение: цитоплазма (не проверено экспериментально). Масс спектрометрия: масса = 28502.0; погрешность = 5.5; метод = электрораспыление, диапазон = 1-256; источник = PubMed:11904168 Классификация: принадлежит к надсемейству АВ гидролаз, семейству карбоксилэстераз bioH. |
| Идентификаторы записей PDB | DR | 1M33 |
В документе базы данных UniProt (см. ссылку)есть также информация об аминокислотных остатках, учавствующих в образовании активного центра.
В BIOH_ECOLI это 82 серин, 207 аспарагиновая кислота и 235 гистидин. Однако эти данные не доказаны экспериментально. О серине гшоворится как о возможном нуклеофиле.
Возможен искусственный мутагенез этих аминокислотных остатков, в частности, 82 аминокислоты, при котором серин переходит в аланин. Эта замена не влияет на связывание с СоА.
Поскольку описание белка короткое (см.таблицу выше), поиск похожих белков проводился по каждому имени белка. Результаты поиска представлены ниже в виде таблицы.
| Запрос | Число записей в SwissProt | Число записей в TrEmbl | Число записей в UniProtKB |
| Carboxylesterase bioH | 63 | 22 | 85 |
| EC=3.1.1.1 | 124 | 577 | 701 |
| Biotin synthesis protein bioH | 63 | 6 | 69 |
Для поиска белка, максимально соответствующего по описанию белку BIOH_ECOLI, был составлен запрос: "Carboxylesterase bioH" AND "EC=3.1.1.1" AND "Biotin synthesis protein bioH', в результате которого было получено 64 результата, из которых я выбрала белок бактерии Yersinia Pestis. Результаты сравнения этих белков представлены в следующей таблице:
| Описание поля | Метка поля | BIOH_ECOLI | BIOH_YERPE |
| Первый код доступа | AC | P13001 | Q74Y45 |
| Идентификатор последовательности в БД | ID | BIOH_ECOLI | BIOH_YERPE |
| Название (краткое описание) белка | DE | RecName: Full=Carboxylesterase bioH; EC=3.1.1.1; AltName: Full=Biotin synthesis protein bioH; |
RecName: Full=Carboxylesterase bioH; EC=3.1.1.1; AltName: Full=Biotin synthesis protein bioH; |
| Дата создания документа | DT | 01-JAN-1990, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot. 01-JAN-1990, sequence version 1. |
16-AUG-2005, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot. 16-AUG-2005, sequence version 2. |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 20-JAN-2009, entry version 80 | 20-JAN-2009, entry version 35 |
| Название организма | OS | Escherichia coli (strain K12). | Yersinia pestis |
| Классификация организма (список таксонов) | OC | Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. | Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia. |
| Длина последовательности | SQ (также в ID) | 256 | 258 |
| Молекулярная масса белка | SQ | 28505 MW(а.е.) | 28590 MW(а.е.) |
| Число публикаций, использованных при создании документа | RT | 1 | 1 |
| Журнал и год самой поздней публикации | RL | Science 277:1453-1474(1997). | Nature 413:523-527(2001). |
| Описание вторичной структуры | FT |
Вторичная структура: бета-тяж 6-9 бета-тяж 13-19 альфа-спираль 26-31 альфа-спираль 33-37 бета-тяж 40-45 альфа-спираль 61-69 бета-лист 74-81 альфа-спираль 61-69 бета-тяж 74-81 альфа-спираль 83-94 альфа-спираль 96-98 бета-тяж 99-106 альфа-спираль 122-145 альфа-спираль 154-166 альфа-спираль 173-185 альфа-спираль 191-194 бета-тяж 199-204 бета-тяж 208-220 альфа-спираль 214-221 бета-тяж 226-230 альфа-спираль 237-240 альфа-спираль 242-253 |
Активный центр образуют аминокислоты: 82-82(Nucleophile); 207-207; 235-235 |
| Ключевые слова | KW | 3D-structure; Biotin biosynthesis; Complete proteome; Cytoplasm; Hydrolase; Serine esterase. | Biotin biosynthesis; Complete proteome; Cytoplasm; Hydrolase; Serine esterase. |
| Темы, освещённые в комментариях | СС | Функция, каталитическая активность, регуляция энзима, биофизикохимические свойства, зависимость от рН, субъединицы, внутриклеточное расположение, масс спектрометрия, классификация. | Функция, каталитическая активность, предназначение, субъединицы, внутриклеточное расположение, классификация. |
| Особенности последовательности | FT | 1 полипептидная цепь из 256 аминокислот. Активный центр образуют аминокислоты: 82(Nucleophile, probable); 207; 235 Может мутировать 82 аминокислота, серин замещается аланином; мутация не влияет на связывание CoA. |
1 полипептидная цепь из 258 аминокислот. Активный центр образуют аминокислоты: 82(Nucleophile, by similarity); 207; 235 О возможных мутациях ничего не сказано. |
| Идентификаторы записей PDB | DR | 1M33 | отсутствует |
При сравнении данных записей можно заметить, что информация о белке BUOH в организме бактерии Yersinia Pestis гораздо более скуднаа, нежели о белке E. coli. Полностью совпадают поля DE, содержащие краткие описания белков. Материал большинства остальных полей (за исключением идентификаторов, кодов доступа и названий бактерий) отличается лишь полнотой: белок бактерии E. coli изучен гораздо лучше. Белок бактерии Yersinia Pestis по всем имеющимся в банке сведениям совпадает с белком E. coli, однако этих данных меньше. Так, например, отсутствует информация о вторичной структуре белка, о возможных мутациях, регуляции энзима, биофизикохимических свойствах, зависимости от рН. Стоит отметить, что BIOH_ECOLI на 2 аминокислоты короче BIOH_YERPE, однако их последовательноси имеют некоторые одинаковые участки. Белок BIOH_YERPE был исследован 15 годами позже белка BIOH_ECOLI (и всего 4 года назад), и, вероятно, именно с этим связаны различия в количестве информации.
Мной также было выполнено дополнительное задание