Учебный сайт Люды Андреевой

Заголовок структуры: белок с неизвестной функцией Название структуры: кристаллическая структура белка BIOH AT 1.7 A В документе представлены следующие цепи макромолекул: Идентификатор цепи Число остатков Название молекулы Комментарии A 258 BIOH proteine Белок BIOH, состоящий из одной полипептидной цепи В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества: ID Название Формула Число копий Комментарии MSE SELENOMETHIONINE (селенометионин) C5H11NO2SE 5 (в структуре их 6, просто один не отмечен авторами) Модифицированная аминокислота, входит в состав белка. Нет немодифицированного метионина. 3OH 3-HYDROXY-PROPANOIC ACID (3-гидроксипропановая кислота) C3H6O3 1   EDO 1,2-ETHANEDIOL (1,2-этандиол) C2H6O2 2   HOH Water (вода) H2O 258 Не вынесена в поля HET и HETNAM Рассмотрим подробнее документ 1m33.pdb. HEADER STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION 26-JUN-02 1M33 TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF BIOH AT 1.7 A Заголовок структуры: белок с неизвестной функцией. Название структуры: кристаллическая структура белка BIOH AT 1.7 A COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: BIOH PROTEIN; COMPND 3 CHAIN: A; COMPND 4 ENGINEERED: YES В поле «COMPND» говорится о том, что белок состоит из одной полипептидной цепи, которую авторы договорились называть «цепь А». Такой белок ученые умеют получать в ходе генноинженерного эксперимента. Из описания гена BioH в файле ecoli_K12_U00096.embl с полностью секвенированным геномом бактерии E. Coli можно почерпнуть информацию и о белке: Ген кодирует один белок, содержащий одну аминокислотную последовательность (найдена в этом же файле). Данные о белке, взятые из разных источников совпадают (за исключением функции белка: в ecoli_K12_U00096.embl есть информация о его функции, а в pdb-файле она отсутствует) и дополняют друг друга. SEQRES 1 A 258 MSE ASN ASN ILE TRP TRP GLN THR LYS GLY GLN GLY ASN SEQRES 2 A 258 VAL HIS LEU VAL LEU LEU HIS GLY TRP GLY LEU ASN ALA SEQRES 3 A 258 GLU VAL TRP ARG CYS ILE ASP GLU GLU LEU SER SER HIS SEQRES 4 A 258 PHE THR LEU HIS LEU VAL ASP LEU PRO GLY PHE GLY ARG SEQRES 5 A 258 SER ARG GLY PHE GLY ALA LEU SER LEU ALA ASP MSE ALA SEQRES 6 A 258 GLU ALA VAL LEU GLN GLN ALA PRO ASP LYS ALA ILE TRP SEQRES 7 A 258 LEU GLY TRP SER LEU GLY GLY LEU VAL ALA SER GLN ILE SEQRES 8 A 258 ALA LEU THR HIS PRO GLU ARG VAL ARG ALA LEU VAL THR SEQRES 9 A 258 VAL ALA SER SER PRO CYS PHE SER ALA ARG ASP GLU TRP SEQRES 10 A 258 PRO GLY ILE LYS PRO ASP VAL LEU ALA GLY PHE GLN GLN SEQRES 11 A 258 GLN LEU SER ASP ASP GLN GLN ARG THR VAL GLU ARG PHE SEQRES 12 A 258 LEU ALA LEU GLN THR MSE GLY THR GLU THR ALA ARG GLN SEQRES 13 A 258 ASP ALA ARG ALA LEU LYS LYS THR VAL LEU ALA LEU PRO SEQRES 14 A 258 MSE PRO GLU VAL ASP VAL LEU ASN GLY GLY LEU GLU ILE SEQRES 15 A 258 LEU LYS THR VAL ASP LEU ARG GLN PRO LEU GLN ASN VAL SEQRES 16 A 258 SER MSE PRO PHE LEU ARG LEU TYR GLY TYR LEU ASP GLY SEQRES 17 A 258 LEU VAL PRO ARG LYS VAL VAL PRO MSE LEU ASP LYS LEU SEQRES 18 A 258 TRP PRO HIS SER GLU SER TYR ILE PHE ALA LYS ALA ALA SEQRES 19 A 258 HIS ALA PRO PHE ILE SER HIS PRO ALA GLU PHE CYS HIS SEQRES 20 A 258 LEU LEU VAL ALA LEU LYS GLN ARG VAL GLY SER Количество аминокислот и их последовательность совпадают по данным в ecoli_K12_U00096.embl и в 1М33.pdb: белок содержит 258 остатков, что говорит о том, что белок в организме бактерии не теряет часть последовательности, а сохраняется целиком. Однако не совпадают некоторые трёхбуквенные обозначения амнокислот: в 1М33.pdb аминокислота метионин, вместо Met, обозначается Mse. HET MSE A 64 8 HET MSE A 149 12 HET MSE A 170 12 HET MSE A 197 11 HET MSE A 217 12 HET 3OH A 300 12 HET EDO 301 4 HET EDO 302 8 HETNAM MSE SELENOMETHIONINE HETNAM 3OH 3-HYDROXY-PROPANOIC ACID HETNAM EDO 1,2-ETHANEDIOL HETSYN EDO ETHYLENE GLYCOL FORMUL 1 MSE 5(C5 H11 N O2 SE) FORMUL 2 3OH C3 H6 O3 FORMUL 3 EDO 2(C2 H6 O2) FORMUL 5 HOH *238(H2 O) К «необычным» для белковой структуры авторы отнесли производную аминокислоты метионина – селенометионин (Mse), который 6 раз встречается в белке (нет немодифицированного метионина в белке). Авторы почему-то не указали в полях HET селенометионин, начинающий аминокислотную последовательность. В описание структуры также попали 2 молекулы 1,2-этандиола (EDO), 238 молекул воды и одна молекула 3-гидроксипропановой кислоты (3OH). В полях FORMUL даны формулы этих соезинений. Посмотрим на пространственное строение остова белка: На рисунках розовым цветом обозначены участки альфа-спиралей, жёлтым - бета-тяжей, серым - участки, не имеющие регулярной вторичной структуры Белок имеет альфа-спиральные и бета-складчатые участки, чередующиеся друг с другом, примерно в равных количествах.