α-спираль номер 14 и β-тяжи номер 7 и 8

Для анализирования я выбрала α-спираль 14 (281-305 аминокислотные остатки цепи А); 7-й и 8-й β-тяжи (169-173; 196-200 аминокислотные остатки цепи А).

Изображением остовной структуры всей цепи с наложенным на неё изображением данных элементов вторичной структуры в ленточной (cartoons) модели и раскраской (α-спираль красным, β-тяжи жёлтым цветом)

Среднее значение, а также максимальное и минимальное значения торсионных углов φ и ψ в пределах данной спирали и данной пары тяжей
Элементы вторичной структуры Среднее значение Максимальное значение Минимальное значение

φ ψ φ ψ φ ψ

α-спираль -63,396 -31,56 -51,4 148,7 -74,8 -55,3

β-тяжи -103,77 137,2 -66,2 168,6 -150,2 101,5

Среднее значение, а также максимальное и минимальное значения торсионных углов φ и ψ в пределах данной спирали и данной пары тяжей
Элементы вторичной структуры	Среднее значение	Максимальное значение	Минимальное значение
φ	ψ	φ	ψ	φ	ψ
α-спираль	-63,396	-31,56	-51,4	148,7	-74,8	-55,3
β-тяжи	-103,77	137,2	-66,2	168,6	-150,2	101,5

Вычисления и формулы здесь

Изображение паттерна водородных связей между остовными атомами элемента вторичных структур:

α-спираль 14 β-тяжи 7 и 8

Bодородная связь наблюдается между остовными атомами кислорода и азота. При просмотре водородных связей для α-спирали видно, что водородные связи между атомами остатков, чьи номера идут с интервалом в 4. Из β-тяжей водородными связями соединены остовные атомы кислорода и азота, которые развёрнуты к противоположному тяжу, а у тяжа 8 водородные связи ещё и между атомами кислорода и азота соседних аминокислотных остатков.

Контакты спирали с остальной частью молекулы неравномерно распределены в пространстве, тогда как контакты тяжей более или менее равномерно.

Контакты α-спирали 14 с остальной частью белка из записи PDB 1DFO

Контакты β-тяжей 7 и 8 с остальной частью белка из записи PDB 1DFO

Ниже приведены описания некоторых из этих контактов:

Контакты α-спирали 281-305 с остальной частью цепи А белка из записи PDB 1DFO
Имя атома остатка спирали Имя контактирующего атома Расстояние в Å Предположительная природа контакта

Glu300A.OE1 Lys380A.NZ 3.66 Электоро-статическое взаимодействие

Glu281A.N Glu278A.O 3,147 Водородная связь

Phe302A.CD2 Tyr307A.CG 4,196 Гидрофобное взаимодействие

Met298A.CB Phe319A.CE1 5,383 Гидрофобное взаимодействие

Контакты α-спирали 281-305 с остальной частью цепи А белка из записи PDB 1DFO
Имя атома остатка спирали	Имя контактирующего атома	Расстояние в Å	Предположительная природа контакта
Glu300A.OE1	Lys380A.NZ	3.66	Электоро-статическое взаимодействие
Glu281A.N	Glu278A.O	3,147	Водородная связь
Phe302A.CD2	Tyr307A.CG	4,196	Гидрофобное взаимодействие
Met298A.CB	Phe319A.CE1	5,383	Гидрофобное взаимодействие

Контакты β-тяжей 169-173, 196-200 с остальной частью цепи А белка из записи PDB 1DFO
Имя атома остатка спирали Имя контактирующего атома Расстояние в Å Предположительная природа контакта

Ile171.N Leu117.O 2,769 Водородная связь

Leu197A.O His221A.N 2,913 Водородная связь

Phe198A.CD Val223A.CA 4,711 Гидрофобное взаимодействие

Met169A.CE Val105A.CG 3,895 Гидрофобное взаимодействие

Контакты β-тяжей 169-173, 196-200 с остальной частью цепи А белка из записи PDB 1DFO
Имя атома остатка спирали	Имя контактирующего атома	Расстояние в Å	Предположительная природа контакта
Ile171.N	Leu117.O	2,769	Водородная связь
Leu197A.O	His221A.N	2,913	Водородная связь
Phe198A.CD	Val223A.CA	4,711	Гидрофобное взаимодействие
Met169A.CE	Val105A.CG	3,895	Гидрофобное взаимодействие

<Первый семестр

<<Главная странца