Занятие 12. Семейства доменов

Упражнение 1. Используя ресурсы БД Pfam опишем доменную организацию заданного белка.

Доменная организация белка GLYA_ECOLI

• Картинка со схематическим изображением доменной структуры GLYA_ECOLI

  

• Картинка с доменами, отмеченными на пространственной структуре GLYA_ECOLI (1dfo),показывает структуру серин-гидроксиметилтрансферазы в комплексе с глицином и 5-формил-тетрагидрофолатом. Зелёным цветом показан домен каждой из 4-х цепей, серым цветом - остальные участки цепей.

  

• Домены в последовательности GLYA_ECOLI

  Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности GLYA_ECOLI
  PF00464	SHMT	Серингидроксиметилтрансфераза	8-386

Описание N-концевого домена белка GLYA_ECOLI

• Краткая характеристика домена PF00464
.Серингидроксиметилтрансфераза - PLP-зависимый белок, который относится к супер-семейству аспартатовых аминотрансфераз. Пиридоксаль-Р группа, взаимодействует с лизином, вокруг которого последовательность наиболее консервативна во всех разновидностях белка. Белок выполняет взаимное преобразование серина и глицина, используя PLG как кофактор. SHMT катализирует перенос гидроксометил группы от N5,N10-метилен-тетрагидрофолата к глицину, приводя к формированию серина и тетрагидрофолата.
• Организмы, в которых найдены белки с доменoм PF00464.

  Таксон		Количество белков с доменом PF00464
  Эукариоты	Растения	48
  	Грибы	48
  	Животные	53
  Бактерии	Aquificae	1
  	Actinobacteria	62
  	Bacteroidetes	16
  	Proteobacteria	421
  	Planctomycetes	2
  	Spirochaetes	9
  	Chloroflexi	7
  	Firmicutes	127
  	Cyanobacteria	28
  	Chlamydiae	10
  	Acidobacteria	2
  	Thermotogae	4
  	Deinococcus-Thermus	4
  	Chlorobi	10
  Археи	Crenarchaeota	9
  	Euryarchaeota	30

• Получены ответы на следующие вопросы:
  • всего известно 932 белка с доменами PF00464
  • чаще домен PF00464 — единственный домен в белке (930 последовательностей из 932-х)
  • случаи дупликации домена PF00464 не известны
  • случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из них PF00464 не известны
  • известно 3 типа доменной организации в белках, содержащих PF00464(SHMT):
    • 930 последовательностей содержат только домен SHMT.

      

    • 1 последовательность (QOGPG8_SOYBN) содержит участок домена bZIP_1(108-139 a.o.) и участок домена SHMT(159-196 a.o.)

      

    • 1 последовательность (Q5BOU5_EMENI) содержит домен SHMT(45-449 a.o.), участок домена MOSC_N(574-611 a.o.), домен MOSC (821-964 a.o.) и домен Patatin (1049-1314 a.o.)

      

Упражнение 2. Мотивы в аминокислотной последовательности GLYA_ECOLI по данным БД InterPro

• Картинка с изображением всех подписей в белке.

  

• Мотивы в белке Glya_Ecoli по данным БД InterPro

  Название подписи	Положение в последовательности GLYA_ECOLI	Полное название базы данных	* Название организации, поддерживающей данную БД.	* Город и страна
  SHMT	8-386	Pfam	Wellcom Trust Sunger Institute Stockholm Bionformatic Centre (SBC) Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Janelia Farm Korean Institute of Science and Technology Information Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)	Кембридж, Великобритания Стокгольм, Швеция Вашингтон, США; Сеул,Северная Корея Париж, Франция
  SHMT	1-417	PIRSF (Protein Information Resourse)	Georgetown University Medical Center (GUMC) MRC Laboratory of Molecular Biology European Bioinformatics Institute	Вашингтон, США Кембридж, Великобритания Хинкстон, Великобритания
  SHMT	221-237	PROSITE pattern	Swiss Institute of Bioinformatics	Женева, Швейцария
  Gly_HO-Metrfase	10-416	PANTHER	SRI International	Менло-парк, США
  PyrdxlP-dep_Trfase_major_sub1	37-289	Gene3D	University College London	Лондон, Великобритания
  PyrdxlP-dep_Trfase_major	8-416	Superfamily	MRC Laboratory of Molecular Biology University of California Santa Cruz University of Bristol Stanford University University of Texas at Austin	Кембридж, Великобритания Санта-Крус, США Бристоль, Англия Стендрорд,США Остин, США

<Второй семестр

<<Главная страница