Задание 7. Характеристики PDB-файла, биологические единицы

1.Технические характеристики записи 1ECY.PDB

поле параметр оценка
REMARK 2 разрешение 2.19 ангстрем
REMARK 3 число рефлексов 8017
REMARK 3 Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного) 92.3%
REMARK 3 R-фактор 0.213
REMARK 3 Свободный R-фактор 0.319
REMARK 3 Процент рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора 10.000 %
REMARK 290 Кристаллографическая группа и тип симметрии P 43 21 2
CRYST1 Длины векторов a, b, c (направляющих кристаллической решётки) 63.320 63.320 84.130 ангстрем
CRYST1 Ортогональны ли базисные периоды?

90.00 90.00 90.00

по 90 градусов углы между периодами;

да,ортогональны.

Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой (используемой в записи PDB)?

  

       ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000   
       ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000      
       ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000

Ответ:да,совпадает.

Совпадает ли (по данным записи PDB) биологическая единица с ассимметрической единицей, записанной в файле? Если нет, то в чём разница?

       REMARK 350 BIOMOLECULE: 1                                                       
       REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: DIMERIC                           
       REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A                                     
       REMARK 350   BIOMT1   1  1.000000  0.000000  0.000000      0.00000            
       REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000  1.000000  0.000000      0.00000            
       REMARK 350   BIOMT3   1  0.000000  0.000000  1.000000      0.00000            
       REMARK 350   BIOMT1   2  0.000000 -1.000000  0.000000      63.32000            
       REMARK 350   BIOMT2   2 -1.000000  0.000000  0.000000      63.32000            
       REMARK 350   BIOMT3   2  0.000000  0.000000 -1.000000      42.06500

Ассимметрическая единица состоит из одной молекулы,

в то время как биологическая единица состоит из двух молекул и представляет собой димер.

Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1? Если да, то приведите пример.

Коэффициент заполнения всех атомов строго равен 1.

 2. Вычислите относительные координаты одного из Сa-атомов своего белка.

Для вычисления относительных координат я выбрала атом:

ATOM   1005  CA  ARG A 128      32.358  37.386  13.084  1.00

Матрица перехода и вектор трансляции:

          SCALE1      0.015793  0.000000  0.000000        0.00000                         
          SCALE2      0.000000  0.015793  0.000000        0.00000                         
          SCALE3      0.000000  0.000000  0.011886        0.00000

В данном случае вектор трансляции - нулевой.

Получим относительные координаты, путём перемножения матрицы перехода

на абсолютные координаты атома. Они равны:

          0.511030  0.590437  0.155516

3.Изучение биологической единицы записи 2PUB.PDB

Изображение ассиметрической единицы:

(Как известно, для получения изображения ассиметрической единицы,

необходимо просто воспользоваться pdb-файлом заданного белка)

Изображение биологической единицы:

(для того, чтобы получить представление о биологической единице, необходимо зайти на сайт PDBe

и скачать предложенную структуру Assemblies)

Таким образом, видно, что биологическая единица представляет собой 2 ассиметрические единицы.

Можно догадаться,что по информации, содержащеёся в структуре ассиметрической единице

нельзя иметь полное представление о том, как именно белок представлен в природе.

Кроме того, в данном случае возможно и можно было бы представить, как выглядит

этот комплекс в "естественных условия", потому что он состоит из всего двух ассиметрических

единиц. Но что делать, если бы он состоял,например, из трёх таких единиц?

Представить это было бы уже куда труднее...

Поэтому при анализе белковых структур необходимо польваться только информацией

о биологической единице белка.

Иначе невозможно иметь информацию о взаимодействиях в комплексе.

©Терешкова Алеся,2010