Поиск нужного термина в словарях GO
Заданный мне белок из организма Bos taurus (дикий бык-тур) располагается
в ЭПР. Поэтому для поиска по GO использовался термин endoplasmic reticulum.
Данные по термину:
-- заданное описание локализации - эндоплазматический ретикулум
-- выбранный термин GO и его идентификатор - endoplasmic reticulum, GO:0005783
-- название онтологии GO и его перевод на русский - cellular component, компонент клетки
-- определение термина (в переводе на русский): мембранная сеть, видимая
только в электронный микроскоп, встречающаяся в цитоплазме многих
эукариотических клеток. Мембраны формирмируют комплекс
трубчатых каналов ячеистой структуры, которые часто расширяются в щелеподобные
полости, называемые цистернами. ЭПР обычно представлен в двух формах:
шероховатый, или гранулярный, ретикулум, к внешней стороне которого могут
прикрепляться рибосомы, и гладкий, агранулярный, не имеющий на своей
поверхности рибосом.
Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO
Данные по последовательности
AC Q9C0K7 (ID STRAB_HUMAN).
Определение функций белка с помощью GO.
| |
Онтология GO (название словаря) |
Количество ассоциированных терминов GO |
Краткий ответ на вопрос |
| Где? |
Component |
2 |
в цитоплазме
в ядре |
| Зачем, для чего? |
Function |
2 |
связывание АТФ
протеинкиназная активность |
| Молекулярный механизм? |
Process |
4 |
включение протеинкиназной активности
клеточный цикл
фосфорилирование аминокислот
транспорт белков из ядра |
Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)
Протеом организма Bos taurus.
Результаты поиска в UniProt, 28.03.2009 г.
| |
Количество записей |
Запрос |
| Всего из данного организма |
739 |
(([swissprot-OrganismHostName:Bos*] &
[swissprot-OrganismHostName:taurus*]) |
[swissprot-OrganismHostName:Bos taurus*]) |
| С идентификаторами всех трёх онтологий GO |
160 |
((([swissprot-DBxref_:c:*] &
[swissprot-DBxref_:f:*]) &
[swissprot-DBxref_:p:*]) &
(([swissprot-OrganismHostName:Bos*] &
[swissprot-OrganismHostName:taurus*]) |
[swissprot-OrganismHostName:Bos taurus*])) |
| В том числе c:endoplasmic reticulum |
9 |
((([swissprot-DBxref_:c:endoplasmic*] & [swissprot-DBxref_:reticulum*]) | [swissprot-DBxref_:c:endoplasmic reticulum*]) & (([swissprot-OrganismHostName:Bos*] & [swissprot-OrganismHostName:taurus*]) | [swissprot-OrganismHostName:Bos taurus*])) |
| В том числе те, у которых встречается
хотя бы один раз
самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS) |
0 |
(((([swissprot-DBxref_:c:endoplasmic*] &
[swissprot-DBxref_:reticulum*]) |
[swissprot-DBxref_:c:endoplasmic reticulum*]) &
([swissprot-DBxref_:exp*] | [swissprot-DBxref_:ida*] |[swissprot-DBxref_:tas*]))
& (([swissprot-OrganismHostName:Bos*] & [swissprot-OrganismHostName:taurus*]) | [swissprot-OrganismHostName:Bos taurus*])) |
| В том числе только
с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS) |
0 |
|
Функции белков данной группы аннотированы достаточно плохо.
Во-первых, их всего 9 из 739, известных в организме. Во-вторых, ни для одного
из этих 9 белков ни разу не встречается самое хорошее доказательство функций -
для всех их просто Inferred from Electronic Annotation.
Описание функции белка в БД EcoCyc
Описание функции белка с помощью терминов GO
Данные по последовательности
AC P0A6B7 (ID ISCS_ECOLI).
| |
Онтология GO (название словаря) |
Количество ассоциированных терминов GO |
Краткий ответ на вопрос |
Данные EcoCyc |
| Где? |
Component |
1 |
в цитоплазме | |
| Зачем, для чего? |
Function |
3 |
цистеин десульфураза
связывание белков
связывание пиридоксин фосфата |
цистеин десульфураза, катализирующая превращение цистеина
в аланин и серу
починка Fe-S кластеров |
| Молекулярный механизм? |
Process |
2 |
метаболизм цистеина
процессинг тРНК |
обеспечивает наличие серы для модификаций тРНК |