Функции. Классификация. Коды ферментов ферментов.
Значение кода фермента
Фермент EC 6.3.5.36 -> Lygases (Лигазы)
3 -> Forming Carbon-Nitrogen Bonds (Образующие связи C-N)
5 -> Carbon-Nitrogen Ligases with Glutamine as Amido-N-Donor (Лигазы C-N, у которых глутамин является донором амидной группы)
3 -> phosphoribosylformylglycinamidine synthase (фосфорибозилформилглицинамидин синтетаза)
Сравнение последовательности ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов
По базе UniProt необходимо было найти фермент с заданным кодом в трех организмах: бактерии Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека. В каждом из организмов было найдено по 1 ферменту по следующим запросам:([swissprot-AllText:EC=6.3.5.3*] & [swissprot-EntryName:*_Metja*])
([swissprot-AllText:EC=6.3.5.3*] & [swissprot-EntryName:*_Human*])
([swissprot-AllText:EC=6.3.5.3*] & [swissprot-EntryName:*_Ecoli*])
Таблица 1. Домены, ответственные за ферментативную активность:
| PUR4_ECOLI, P15254 | PUR4_HUMAN, O15067 | PURL_METJA, Q58660 | ||
| Идентификатор, название домена Pfam | Положение в последовательности | Положение в последовательности | Положение в последовательности | |
| Домен1 | PF00586 | 256-388 | 270-405 | 62-160, 424-521 |
| Домен2 | PF02769 | 430-590, 820-968 | 444-603, 847-992 | 192-346, 563-706 |
Сравнение доменов PF02769 в трех организмах
В каждом из 3 организмов домен PF02769 разбит на 2 аминокислотные последовательности. Как видно ниже, результаты белкового выравнивания показывают значительное попарное различие трех доменов из разных организмов.
Аналогичный результат получится, если сравнить домены PF00586 в
трех организмах, т.е. их аминокислотные последовательности
достаточно сильно отличаются.
Поэтому, на мой взгляд, домены, отвечающие за
ферментативную активность, не гомологичны.
Работа с базой данных Brenda
В БД BRENDA производился поиск фермента EC 6.3.5.3. Всего в базе находится информация о 1242 таких ферментов из различных организмов.Катализируемая реакция:
Фермент данного типа в организме Gallus gallus является мономером. Насчет субъединичной структуры в других организмах информации нет.
Информации о посттрансляционных модификациях данного фермента нет.
В разделе Disease имеется только одно упоминание об организме Homo sapiens, и оно, по-видимому, имеет отношение к раку.
Сравнение cвойств 2-х ферментов из далеких организмов
В базе BRENDA содержится информация об оптимуме pH для данного фермента только для 5 организмов:
Среди них только 1 из исследованных мною во 2 упражнении - E.coli.
В целом относительно pH можно сказать, что для 5 организмов разброс значений невелик.
Активаторы для данного фермента неизвестны.
Есть немало данных об ингибиторах - в основном для организма Gallus gallus, кроме того, 2 ингибитора у Escherichia coli и один у Mus musculus.