Продолжение работы с программами пакета BLAST
Работа с программой getorf пакета EMBOSS
При помощи программы getorf пакета EMBOSS
требовалось получить
набор трансляций всех открытых рамок нуклеотидной последовательности
из записи D89965 при следующих условиях:
- длина последовательности более 30 нуклеотидов
- расположение рамки между старт- и стоп-кодонами
- с использованием бактериального кода
Для выполнения этой задачи в командную строку была введена следующая команда:
getorf -table 11 -minsize 30 -find 1 -sequence d89965.entret
В результате ее выполнения получили файл с необходимой информацией.
Из найденных открытых рамок 5 соответствуют приведённой в записи CDS и 13
- приведенной в Swiss-Prot.
|