Матрицы переходов

Глобальное выравнивание

Глобальное выравнивание проводилось для двух аминокислотных последовательностей: MKQL(первые четыре аминокислотных остатка белка DXR_ECOLI) и MALQH(последовательность,полученная из предыдущей внесением двух любых замен и вставкой в произвольном месте дополнительной буквы) Параметры выравнивания: цена замены=1 цена делеции=-2 цена совпадения=2 Вес оптимального пути равен 0.Это означает,что вероятность того,что одна аминокислотная последовательность произошла от другой в результате биологической эволюции, равна вероятности того,что эта последовательность была получена случайной комбинацией аминокислотных остатков независимо от первой. В нашем случае такой вес получился из-за того,что в очень маленькой последовательности сделали две замены и произвольно вставили одну аминокислоту Оптимальное выравнивание: M-KQL | | MALQH

Локальное выравнивание

Выравнивание производилось для последовательности,состоящей из первых девяти аминокислотных остатков белка DXR_ECOLI и последовательности, состоящей из 2, 3, 7, 8, 9 остатков этого белка(MKQLTILGS и KQLGS) Параметры выравнивания: цена замены=-1 цена делеции=-2 цена совпадений аминокислот=2 Оптимальное выравнивание: MKQLTILGS ||| LGS Субоптимальное выравнивание: MKQLTILGS ||| KQL Вес оптимального и субоптимального выравниваний одинаковый.Это значит,что у нас есть 2 хороших локальных выравнивания,полученных разным путем

Влияние параметров на глобальное выравнивание

Приведенное ниже выравнивание при указанных параметрах показывает нам тот случай,когда нежелательны и очень длинные, и очень мелкие единичные делеции Аналогичное выравнивание можно увидеть при штрафе за открытие делеции равном 5 и штрафе за продолжение равном 1

DXR_ECOLI 1 MKQLTILGSTGSIGCSTLDVVRHNPEHFRVVALVAGKNVTRMVEQCLEFS 50 Mutated 1 0 DXR_ECOLI 51 PRYAVMDDEASAKLLKTMLQQQGSRTEVLSGQQAACDMAALEDVDQVMAA 100 Mutated 1 0 DXR_ECOLI 101 IVGAAGLLPTLAAIRAGKTILLANKESLVTCGRLFMDAVKQSKAQLLPVD 150 Mutated 1 0 DXR_ECOLI 151 SEHNAIFQSLPQPIQHNLGYADLEQNGVVSILLTGSGGPFRETPLRDLAT 200 ||.|....:.| |||| Mutated 1 GSTGSIGCSTL-DLAT 15 DXR_ECOLI 201 MTPDQACRHPNWSMGRKISVDSATMMNKGLEYIEARWLFNASASQMEVLI 250 ||||||||| Mutated 16 MTPDQACRH 24 DXR_ECOLI 251 HPQSVIHSMVRYQDGSVLAQLGEPDMRTPIAHTMAWPNRVNSGVKPLDFC 300 Mutated 25 24 DXR_ECOLI 301 KLSALTFAAPDYDRYPCLKLAMEAFEQGQAATTALNAANEITVAAFLAQQ 350 Mutated 25 24 DXR_ECOLI 351 IRFTDIAALNLSVLEKMDMREPQCVDDVLSVDANAREVARKEVMRLAS 398 Mutated 25 24

Параметры,при которых были построены эти выравнивания: Штраф за открытие делеции-10.0 Штраф за продолжение делеции-1.0

Показанное ниже выравнивание содержит большее число совпадений аминокислот. В нем система штафа за гэп сделана простой, т.е. открытие и продолжение делеции оценивается одинаково и при этом штраф гораздо меньше, чем в предыдущем выравнивании. При этом программа увеличивает число гэпов внутри последовательности, чтобы увеличить число совпадений аминокислот

DXR_ECOLI 1 MKQLTILGSTGSIGCSTLDVVRHNPEHFRVVALVAGKNVTRMVEQCLEFS 50 Mutated 1 0 DXR_ECOLI 51 PRYAVMDDEASAKLLKTMLQQQGSRTEVLSGQQAACDMAALEDVDQVMAA 100 Mutated 1 0 DXR_ECOLI 101 IVGAAGLLPTLAAIRAGKTILLANKESLVTCGRLFMDAVKQSKAQLLPVD 150 Mutated 1 0 DXR_ECOLI 151 SEHNAIFQSLPQPIQHNLGYADLEQNGVVSILLTGS-GGPFRETPLRDLA 199 | | ||| | . .| | ||| Mutated 1 G--S---TGSIG--C-ST-L-DLA 14 DXR_ECOLI 200 TMTPDQACRHPNWSMGRKISVDSATMMNKGLEYIEARWLFNASASQMEVL 249 |||||||||| Mutated 15 TMTPDQACRH 24 DXR_ECOLI 250 IHPQSVIHSMVRYQDGSVLAQLGEPDMRTPIAHTMAWPNRVNSGVKPLDF 299 Mutated 25 24 DXR_ECOLI 300 CKLSALTFAAPDYDRYPCLKLAMEAFEQGQAATTALNAANEITVAAFLAQ 349 Mutated 25 24 DXR_ECOLI 350 QIRFTDIAALNLSVLEKMDMREPQCVDDVLSVDANAREVARKEVMRLAS 398 Mutated 25 24

Параметры,при которых были построены эти выравнивания: Штраф за открытие делеции-1.0 Штраф за продолжение делеции-1.0

При построении глобального выравнивания программа NEEDLE учитывает афинную систему штрафов за открытие и продолжение делеции(т.е. накладывается разный штраф).Это нужно для того, что наиболее вероятно, что произойдет одна крупная делеция,чем несколько мелких в одном участке. При уменьшении штрафа за открытие делеции более вероятно,что программа поставит гэп.