Второй семестр

Программа поиска сходных последовательностей BLASTP

 

  1. Поиск белка по его последовательности

    2. На сервере NCBI провела поиск своей последовательности программой BLASTP в банке swissprot. В выдаче программы отыскала мой белок. Его порядковый номер в выдаче №1,
    Score 1161, E-value 0.0.

    Повторила поиск с той же входной последовательностью,указав в качестве банка pdb. Для первой в списке находки PDB-коды: 1XXH, идентификаторы цепей Chain I,
    Score: 732, E-value: 0.0
    начало выравнивания- 1, конец выравнивания- 375, во входной последовательности (Query),
    начало выравнивания- 1, конец выравнивания- 375 в находке (Subject),
    процент совпадений (Identity): 100%.

  2. Поиск белка по его гомологу

    3. Провела поиск в банке swissprot программой BLASTP, подав на вход последовательность из файла secondprot.fasta. В выдаче есть мой белок.
    Его порядковый номер №2,
    Score: 1078, E-value: 0.0,
    начало выравнивания- 1 и конец выравнивания- 642 во входной последовательности,
    начало выравнивания- 1 и конец выравнивания- 643 в находке,
    процент совпадений: 90%

    Первая по счету находка является тем самым белком, чья последовательность была подана на вход.

  3. Поиск белка по фрагментам его последовательности

    4. Провела поиск в банке swissprot программой BLASTP, подав на вход последовательность из файла thirdprot.fasta.
    Его порядковый номер №1,
    E-value: 0.72;
    2 выравнивания:
    1-ое Score: 31.2
    начало выравнивания- 4 и конец выравнивания- 24 во входной последовательности,
    начало выравнивания- 369 и конец выравнивания- 389 в находке,
    процент совпадений: 66% ;
    2-ое Score:30.0
    начало выравнивания- 1 и конец выравнивания- 12 во входной последовательности,
    начало выравнивания- 1 и конец выравнивания- 12 в находке,
    процент совпадений: 100%.

  4. Разные пользовательские интерфейсы BLAST

    1. Повторила задание, пользуясь программой BLASTP на сервере EBI: http://www.ebi.ac.uk/blastall/ Этот сайт мне понравился больше, так как данные были выданы в виде таблицы. Последовательность полученных белков сходна в данных обеих программ, получила те же результаты. На NCBI не показываются одинаковые белки с разными AC, а на EBI - показываются, что не очень удобно. Также на EBI можно посмотреть результаты в разных программах, возможна отсылка информации сразу на e-mail. Небольшие различия в Score и E-value.
    2. Cервер Пастеровского института: http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/blast2-simple.html. Данные программа выдала в блокноте. Последовательность полученных белков сходна в данных обеих программ, я получила те же самые результаты. Небольшие различия в Score и E-value. На этом сайте сразу предлагались выравнивания последовательностей.

  5. Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?

    6. С помощью программы BLASTP проведла поиск по банку данных Swiss-Prot для репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis. В первом приближении считала ортологами те последовательности, в названии которых стоит слово RbsR.(только одна последовательность) Проанализировала список первых 20 находок.
    Хорошим инструментом для поиска ортологов программа BLAST не является.
   
©Лавыш Дарья