BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологии
Работа с программой BLASTP
Сервер NCBI

• Часть 1.Поиск белка BGAL_ECOLI по фрагменту его аминокислотной последовательности
  Поиск производился по банку данных Swissprot
  Результаты поиска

  Фрагменты моего белка длиной 30 аминокислот а)немутированный б)мутированный Порядковый номер хита: а)1 б)1 Процент совпадающих остатков в выравнивании: а)100% б)90% Bес выравнивания: а)63,5% б)60,1% E-value: a)1e-10 б)1e-09

  Фрагмент моего белка длиной 10 аминокислот Порядковый номер хита: 1 Процент совпадающих остатков в выравнивании: 100% Bес выравнивания: 28,1 E-value: 4,5

  Причины отличий или сходства значений данных величин при поиске по этим фрагментам:
  1)Запрос: последовательность с 1 по 30 остаток моего белка. Совпадение при заданных параметрах 100%. Причина 100% результата: отсутствие изменений в последовательности.
  2) Запрос: последовательность с 1 по 30 остаток моего белка, с внесёнными 3 изменениями (T-S, S-T, V-L). Совпадение при заданных параметрах 90%.
  3) Запрос: последовательность с 1 по 10 остаток моего белка(это последние 10). Совпадение при заданных параметрах 100%. Причина 100% результата: отсутствие изменений в последовательности. Для действительного фрагмента действительного белка BLAST нашёл гомологичные последовательности с хорошими значениями Score и E-value. Для изменённого белка BLAST нашёл гомологичные последовательности с немного хуже величинами score и E-value. Для третьего выравнивания значения параметров менять не пришлось, но в результате e-value всё равно более 0 (равен 4,5), т.е. находится более 4 выравниваний (случайных) со score=28,1.
  • Часть 2.Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?(на примере поиска по последовательности репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis)
    По определению, ортологи - это аминокислотные последовательности,
    которые возникли из одного предка в результате видообразования,
    и имеют одну общую функцию. Поэтому в первую очередь
    для определения принадлежности некоторой выборки белков к ортологам,
    необходимо оценить таксономическую степень родства организмов, в которых
    находятся рассматриваемые белки.
    После сравнения полученных аминокислотных последовательностей можно сделать следующие выводы:
    a)6 белков выполняют ту же функцию, что и рибозный репрессор из Bacillus subtilis,
    но функция их предсказана по сходству, никаких четких экспериментальных данных нет,
    следовательно судить о функции белка на основе результатов поиска при помощи BLAST мы
    мы не можем, то есть мы можем считать их лишь гомологами.
    б)Чтобы судить об ортологии, необходимо иметь представление об общем предке, т.е.
    неизвестен белок-"эталон".
    в)Сложно судить об принадлежности к ортологам, потому что часть из полученных последовательностей
    относится к Proteobacteria, а Bacillus subtilis, в котором находится рибозный репрессор RbsR,
    относится к Firmicutes, а эти организмы являются дальними родственниками.
    Вывод: PBLAST не позволяет выявить принадлежность белков к ортологам.
    НА ГЛАВНУЮ