Информацию о точечных зарядах получили с помощью запуска двух скриптов: Ante_RED.pl et.pdb и RED-vIII.4.pl. Файл et.pdb
- оптимизированная структура молекулы этана, получена с помощью GAMESSa. Информация о зарядах в этом файле.
1 C 0.763688 0.000000 -0.000000 C 1 LIG -0.0189 ****
2 H 1.156406 0.000000 -1.012074 H 1 LIG 0.0059 ****
3 H 1.156406 0.876482 0.506037 H 1 LIG 0.0059 ****
4 H 1.156406 -0.876482 0.506037 H 1 LIG 0.0059 ****
5 C -0.763688 0.000000 0.000000 C 1 LIG -0.0155 ****
6 H -1.156406 0.000000 1.012074 H 1 LIG 0.0056 ****
7 H -1.156406 0.876482 -0.506037 H 1 LIG 0.0056 ****
8 H -1.156406 -0.876482 -0.506037 H 1 LIG 0.0056 ****
2. Создание файла описания молекулы
Начнем создание файла описания молекулы в формате пакета программ GROMACS.
Единица измерения расстояния в GROMACS нанометр. Пусть имя файла будет et.top
Что содержится в этом файле
-общие правила
-типы атомов и параметры для функции Ленорда-Джонса. Ван-дер-Ваальсовые радиусы атомов, их порядковые номера, массы, сигма из webelements.com
-параметр отключения Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий для атомов-соседей через три связи
-атомы этана
-описание связей: константу жесткости и длину связи
-описание углов
-торсионные углы
-описание системы с 38 молекулами этана
3. Моделирование перехода этана из жидкого состояния в газовое
Была проведена молекулярная динамика и дальнейший расчет энергий для 7 топологий с варьирущим значением epsilon-величины для атома водорода. Скрипт
В текстовых файлах v_i.txt информация о жидкой фазе при различных эпсилон, в vb_i.txt - о газовой фазе (i= 1..7).
В газовой фазе энергия VdW очень маленькая, отличается почти на 4 порядка от жидкостной фазы.
Для оценки энтальпии испарения нужно использовать только значения VdW в жидкой фазе. А значение epsilon
водорода должно быть в пределах от 0.01562 до 0.03703, чтобы воспроизвести энтальпию испарения этана.
©Джумашев
