Контрольная работа заключалась в сравнении участков белков поринов-это мембранные
белки: они имеют аминокислотный состав более полярный, чем водорастворимые
белки; не содержат протяженных гидрофобных участков в полипептидной цепи,
которые обычно присутствуют в интегральных белках плазматических мембран;
и имеют бета-складчатую структуру в противоположность альфа-спиральной структуре
большинства других мембранных белков. Несмотря на низкую степень гомологии
первичной последовательности поринов из разных бактерий,
их пространственные структуры подобны. В чем я и убедилась в ходе выполения задания!
Пользуясь программой seqret, я выравняла два данных фрагмента с помощью
команды "neeedle..." и обнаружила очень небольшое количество одинаковых
аминокислотных остатков(результат в файле kuznetsova_auto.msf), что меня немало
огорчило. Я посчитала, что это совершенно разные последовательности.
Однако, после того, как я увидела их в RasMol, стало понятно, что они очень похожи, практически
идентичны. Я вручную выравняла последовательности, опираясь на структуру пары
последовательностей (результат в файле kuznetsova_bio.MSF).
В некоторых позициях расстояние было меньше или чуть-чуть побольше 2
ангстрем, в других превышало 3-3.5, но эти участки настолько повторяли строение
друг друга, что я решила отметить это в разметке, где помимо буквы А(alidned)
есть еще буква М (maybe), которая означает, что расстояние между данными остатками
превышало 2.5-3 ангстрема, но их строение было чрезвычайно схоже.
На последовательностях моего белка можно выделить 2 участка биологически обоснованного
выравнивения, которые разделены 2-мя петлями, направленными в разные стороны.
Аuto выравнивание не очень похоже на bio, без bio выравнивания было бы
практически невозможно с уверенностью сказать, что эти две последовательности имеют
что-то общее, а биологическое выравнивание показало, что они очень похожи.
Итак, на биологически обоснованных участков выравнивания:
| суммарная длина биологически обоснованных участков выравнивания | 14 и 17=31 |
| процент от общего числа позиций выравнивания | 31/52*100=59.62% |
| число совпадающих остатков | 1+4=5 |
| процент совпадающих остатков | (1+4)*100/(14+17)=15.13% |
| число функционально сходных остатков | 3+3=6 |
| процент функционально сходных остатков | (3+3)*100/(14+17)=19.35% |