В этом семестре мы научились искать информацию о белках с помощью различных
банков данных, выравнивать аминокислотные последовательности, строить матрицы
переходных вероятностей замен аминокислотных остатков, пользоваться UNIXом,
строить парные выравнивания с помощью программ из пакета EMBOSS, искать
последовательности в банках данных по гомологии с помощью программы BLAST, строить
множественные выравнивания с помощью программы Clustal, анализировать расположение
консервативных и диагностических позиций на трёхмерной структуре с помощью Rasmol,
строить паттерны для участков множественного выравнивания, а затем использовать их
для поиска родственных белков, познакомилась с базами данных Pfam, PROSITE , InterPro,
научились искать "далёких" гомологов белка с помощью программы PSI-BLAST, строить матрицы
переходов для глобального и локального выравнивания и т.д.
Результаты работы во втором семестре: