Поиск белка GlpT пофрагменту его аминокислотной последовательности
Поиск проводился по банку данных SWISSPROT,для этого использовались фрагменты белка Транспортера глицеро-3-фосфата:
Фрагмент из 30 аминокислот:MLSIFKPAPHKARLPAAEIDPTYRRLRWQI
Фрагмент из 10 аминокислот:SRGDLGFALS
| |
|
Как видно, отличия в поиске наблюдаются по параметрам "вес выравнивания" и "E-value".В первом случае отличие можно объяснить тем, что вводимый участок из 10 аминокислот в три раза короче первого участка, а значит и число совпадений по аминокислотам для него в выравнивании будет меньше и равняется 23.
Во втором случае, значение E-value определяет, какова вероятность того, что заданный аминокислотный участок встретится в банке данных и будет идентичен фрагментам сразу из несколькиз белков.Естественно, чем длиннее последовательность, тем маловероятней то,что она встретится в громадном количестве протеинов.Но чем короче последовательность, тем больше вероятность всретить её случайно - это будет просто совпадение.Следовательно, поскольку длина остатка-30- больше, то и значение E-value гораздо ниже(3е-12, по сравнению с 113 для участка длиной 10)
Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?
На основе проведённых наблюдений, можно сделать вывод, что BLAST является инструментом для поиска ортологов,но с большим допущением,что ортологи будут нести одну общую функцию! В ходе поиска гомологов репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis, обнаруживается множество белков – аналогов,например репрессор оперона фруктозы или лактозы.Но они нам не подходят.В ряду же первых 15 белков( с наиболее низким значение E-value, функцию репрессора рибозного оперона выполняют 5 из них (RBSR_ECOLI RBSR_HAEIN RBSR_PASMU RBSR_BACHD RBSR_LACLA).Соответственно из Escherichia coli,Bacillus halodurans,Pasteurella multocida,Haemophilus influenzae ,Lactococcus lactis subsp. Lactis.Однако и они идут непоследовательно, обнаруживая относительно низкое сходство с исходным белком.Достоверный ответ на поставленный вопрос(является ли BLAST инструментом для поиска ортологов) может дать лишь доскональное исследование геномов сравниваемых организмов.