Топология, нарисованная по правилам TOPS cartoons
Работа с программой RasMol и Word
Мой белок имеет один структурный домен: цепи А и В одинаковы, если одну из цепей удалить, то в оставшейся цепи нет явного выделения нескольких доменов, поэтому мой домен нельзя назвать N или C концевым.
Изображение цепи А бактериферритина:

Угол между первой и второй спиралями примерно 45 градусов, между второй и третьей - 0, т.к.они примерно параллельны, между третьей и четвертой - 45, а между четвертой и пятой - около 90. Таким образом можно сделать вывод, что данная структура имеет укладку пятиспирального перекрестного пучка; определить его ориентацию достаточно сложно, т.к. его спирали расположены вокруг первой спирали, напоминая цилиндр.
Атомы C-бета распологаются вне альфа-спирали (если атомы C-альфа распологаются в цилиндрической поверхности спирали, то атомы C-бета выходят наружу из нее примерно под углом в 90градусов).
НА ГЛАВНУЮ