Моделирование эволюции гена BFR
- Исходная скобочная структура:
(
((A:40,B:40):10,
C:50):50,
((E:70,F:70):20,D:90):10
);
В данной работе мы мутировали ген BFR с помощью программы msbar пакета Emboss.
С помощью этой программы мы мутировали ген соответственно расстояниям в скобочной структуре с пересчетом на длину данного гена.
В итоге мы получили мутантные последовательности, соответствующие всем узлам дерева.
Изображение дерева событий
На данном рисунке изображено ультраметрическое дерево, на котором цифрами 1-11 обозначены узлы, буквами обозначены вершины или листья,
а длины ветвей или ребер обозначают число мутаций.
Скрипт для программы msbar
msbar bfr_nucl_gene.fasta abc.fasta -point 4 -count 237 -auto
msbar abc.fasta cc.fasta -point 4 -count 237 -auto
msbar abc.fasta ab.fasta -point 4 -count 47 -auto
msbar ab.fasta aa.fasta -point 4 -count 190 -auto
msbar ab.fasta bb.fasta -point 4 -count 190 -auto
msbar bfr_nucl_gene.fasta def.fasta -point 4 -count 47 -auto
msbar def.fasta dd.fasta -point 4 -count 427 -auto
msbar def.fasta ef.fasta -point 4 -count 95 -auto
msbar ef.fasta ee.fasta -point 4 -count 332 -auto
msbar ef.fasta ff.fasta -point 4 -count 332 -auto
Определение эволюционного расстояния между нуклеотидными последовательностями
Сравнение методов реконструкции деревьев
НА ГЛАВНУЮ