BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологии
Часть1:Поиск белка BFR по фрагменту его аминокислотной последовательности
Поиск последовательностей производилась по банку данных SwissProt
Результаты поиска
Для длины 30 остатков
  1. Порядковый номер хита

    2. а). для немутированого 1
    б). для мутированого 1
  2. Процент совпадающих остатков в выравнивании

    3. а). 100%
    б). 89%
  3. Вес выравнивания

    4. а). 58
    б). 59
  4. E-value

    5. а). 5e-09
    б). 3e-09
 Для длины 10 остатков
  1. Порядковый номер хита 1
  2. Процент совпадающих остатков в выравнивании 100%
  3. Вес выравнивания 20
  4. E-value 963
Комментарии:
 1). Для фрагмента длиной 30 остатков.
  а). При поиске 100% совпадение, т.к. последовательность не была изменена, а был лишь ее фрагмент.
  б). При поиске 90% совпадение, т.к. были произведены три замены
2). Для фрагмента длиной 10 остатков.
При поиске совпадение 100%, но оно произведено только при очень большом E-value (при работе с такими данными верить им неразумно)
Часть2:Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?
  По определению, ортологи - последовательности, полученные в результате эволюции из одного предка, следовательно для того, чтобы проверить последовательности на ортологичность необходимо сравнить их таксономию.
  После сравнения полученных последовательностей можно сделать вывод, что:
1).всего 6 хитов,из полученного списка, выполняют ту же функцию, что и рибозный репрессор из Bacillus subtilis
2).неизвестен белок, который был "эталоном" для определения функций
3).эти последовательности относятся к организмам, который являются лишь дальними родственниками Таким образом можно предположить, что данные последовательности были получины на основе их гомологичности. Следовательно BLAST нельзя использовать для поиска ортологов.
НА ГЛАВНУЮ