1. Chicken - они выделены зелеными прямоугольниками, но при этом, Chicken из групп C и D между собой не обязательно являются паралогами, т.к. мы точно не знаем о ходе эволюции в месте разделения ветвей X и Y;
2. Horse - они выделены голубым цветом, при этом ситуация в группах C и D также не ясна;
3. Human - эта группа выделена желтым цветом, но взаимоотношения между представителями этой группы, принадлежащих ветви 1 не могут быть определены однозначно;
4. Danio - однозначно являются паралогами, они окрашены сиреневым;
5. Xenopus - довольно однозначно можно назвать паралогами, представители этой группы окрашены фиолетовым.

• если белки находятся на разных ветвях и при этом относятся к одним и тем же организмам, то их можно назвать паралогами;


• если белки лежат на разных ветвях и принадлежат разным таксономическим группам, они скорее всего являются ортологами.

Из дерева видно, что Бактерии, в отличие от Архей, достаточно хорошо подразделяются в пространстве на систематические подгруппы. Эти подгруппы: Proteobacteria, Firmicutes и Thermotoga. Они расположены в верхней, нижней и средней частях дерева соответственно.

Неоднородное разделение Архей и Бактерий можно объяснить тем, что при расхождении от общего предка мог произойти такой процессы, как горизонтальный перенос, а также группа Архей не является высококонсервативной внутри себя.