Найденный паттерн:
RIBOSOMAL_L6_1, PS00525; Ribosomal protein L6 signature 1. [PS]-[DENS]-x-Y-K-[GA]-K-G-[LIVM]
В заданном белке (50S ribosomal protein L6):
MSRVGKKLLEIPSDVTVTLNDNNTVAVKGPKGELTRTFHPDMEIKVEDNVLTVARPSDQKEHRALHGTTRSLLGNMVEGVSKGFERGLELVGVGYRASKSGNKLVLNVGYSHPVEIVPEEGIEIEVPSQTKV
VVKGTDKERVGAIAANIRAVRS PEPYKGKGI RYEGEVVRRKEGKSAK
Описание семейства паттернов:
Рибосомальный белок L6 - один из белков большой субъединицы рибосомы. Известно, что в Escherichia coli L6 напрямую связывается с 23S РНК и находится
в аминоацил-тРНК-связывающем сайте пептидилтрансфееразного центра. Он принадлежит к семейству рибосомальных белков, которые по сходству последодовательностей
разделены на следующие группы: * Eubacterial L6.
* Algal chloroplast L6.
* Cyanelle L6.
* Archaebacterial L6.
* Marchantia polymorpha mitochondrial L6.
* Yeast mitochondrial YmL6 (gene MRPL6).
* Mammalian L9.
* Drosophila L9.
* Plants L9.
* Yeast L9 (YL11).
Поскольку все вышеперечисленные белки являются родственными, очень сложно выделить паттерн, который определит их все. Было решено создать 2 паттерна, первый из которых определяет eubacterial, cyanelle and mitochondrial L6, а второй - archaebacterial L6 и eukaryotic L9.
Число ненайденных паттерном последовательностей: 0
Число известных пропущенных последовательностей: 64
Точность: 100,00%
Чувствительность: 91,61%
Полученное выравнивание:
Вырванивание в msf формате
Полученный паттерн: [NDGASH]-X-X-[TA]-V-K-G-[PS]-[KN]-G-[ETQ]-L-[VSTE]-[ERK]
С помощью этого паттерна было найдено 129 последовательностей среди бактерий, с помощью паттерна из Prosite найдено 137 последовательностей из Firmicutes.
С помощью нового паттерна не найдено 17 беклков.
Неправильно найдено 9 белков.
Файл c оценкой находок.
Для создании паттерна я построила выравнивание следующих последовательностей:
| Firmicutes | Actinobacteria и Cyanobacteria |
| BACAN,BACSU, CLOTE, ENTFA, GEOKA, FINM2 | ACIC1, ARTAT, ARTS2, ACAM1, CYAA5, GLOVI, SYNR3 |
Далее я смотрела, какие белки найдены лишние и какие ненайдены предполагаемыми паттернами, добавляла некоторые из них в выравнивание и улучшала паттерн.