EC (классификация ферментов). KEGG (Метаболические пути)

На страничку четвертого семестра



  1. Код фермента 6PGD_ECOLI.

    2. EC=1.1.1.44

    1. Oxidoreductases (оксидоредуктазы)
    1.1. Acting on the CH-OH group of donors... (Действие на СН-ОН группу доноров...)
    1.1.1. ...with NAD+ or NADP+ as acceptor (С NAD+ или NADP+ в качестве акцептора)
    1.1.1.4. phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating)(фосфоглутарат дегидрогеназа (декарбоксилирующая).

    Уравнение катализируемой реакции:

    6-phospho-D-gluconate + NADP+ = D-ribulose 5-phosphate + CO2 + NADPH


  2. Участие 6PGD_ECOLI в метаболических путях.

    3. Название локуса гена: b2029
    Метаболические пути:

    eco00030 - Pentose phosphate pathway (Пентозный фосфатный путь).
    eco00480 - Glutathione metabolism (Метаболизм глутатиона).
    eco01100 - Metabolic pathways (Метаболические пути).
    eco01110 - Biosynthesis of secondary metabolites (Биосинтез вторичных метаболитов).
    eco01120 - Microbial metabolism in diverse environments (Метаболизм микроорганизмов в различных условиях).
    Пентозный фосфатный путь:




  3. Структурные формулы цитрата и глиоксилата.


    4. ЦитратГлиоксилат
    Citrate; Citric acid; 2-Hydroxy-1,2,3-propanetricarboxylic acid;
    2-Hydroxytricarballylic acid    		Glyoxylate; Glyoxalate; Glyoxylic acid
    C00158C00048


  4. Метаболический путь от цитрата к глиоксилату.

    5. Выбранная цепочка ферментативных реакций:
    путь: ko00630 (Glyoxylate and dicarboxylate metabolism)- Метаболизм глиоксилата и дикарбоксилата,
    цепочка: Citrate <--> Glyoxylate.
    интермедиаты: cis-Aconitate (цис-аконитат) С00417, Isocitrate (изоцитрат) С00311.

  5. Указанный путь на карте:



  6. Сравнение метабоглических путей у разных организмов.

    7. Возможность выбранной цепочки ферментативных в разных организмах с известными полными геномами.
    Организм Возможна ли цепочка реакций
    (да/нет/неизвестно)    		 Обоснование
    Escherichia coli K-12 MG1655 Да Присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
    Archaeoglobus fulgidus Да Присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
    Arabidopsis thaliana (thale cress) Да Присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
    Homo sapiens Да Присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций


    Указанный путь для homo sapiens:




  7. Сравнение ферментов из далеких организмов.

    8. Фермент 1.11.1.6 в разных организмах:

    Код фермента: 1.11.1.6.
    Опция использования маски (Use wildcards) снимается, чтобы находились ферменты именно с заданным EC, не с похожими ЕС.
    Запрос: ([swissprot-ECNumber:1.11.1.6] & ([swissprot-ID:*_human] | [swissprot-ID:*_ARCFU]))

    В каждом организме найдено по одному белку: CATA_HUMAN (P04040) и KATG_ARCFU (O28050).
    Доменная организация найденных белков (по PFAM):

    CATA_HUMAN (P04040):

    KATG_ARCFU (O28050):

    В этих ферментах нет одинаковых доменов.
    Доменная организация найденных белков (по PFAM):

    Ортолог CATA_HUMAN в эукариотах:
    Ген: hsa:847
    Ортолог:pon:100171588
    Организм: Pongo abelii (Sumatran orangutan)
    Процент идентичности: 98,5%
    Перекрытие последовательностей: 527

    Ортолог KATG_ARCFU в эукариотах:
    Ген: afu:AF2233
    Ортолог:Ferp_2153
    Организм: Ferroglobus placidus
    Процент идентичности: 82,3%
    Перекрытие последовательностей: 745
    В одинаковых верментах далеких организмов (человека и археи Archaeoglobus fulgidus) не найдено одинаковых доменов. Однако судя по проценту идентичности этих ферментов и их ортологов из другого таксона, эти белки схожи.

© Karavaeva Julia 2009