PSI-BLAST

На страничку второго семестра

Задание 1.




ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	5	162	0,005	0,005	885	2e-05	0,16
SSRP_ECOLI	P0A832	3	514	3е-10	5,4	514	1e-31	0,36
RP5M_RHIME	P17265	4	15	0.005	0.12	25	8е-15	0.025
P42419	IOLI_BACSU	5	10	9e-04	0.020	545	3e-07	0.006



Комментарии для каждой из последовательностей:
1. После 5й итерации список не стабилизировался. Стабилизировался после 10й итерации. Худшее и лучшее E-value от итерации к итерации колеблятся около значения 0,005. Я думаю, что это говорит о небольшой достоверности гомологичности соответствущих последовательностей.
2. Список стабилизируется после 3 итерации. Худшее E-value выше порога в каждом случае имеет значение около e-31,а лучшее ниже порога - около 0,35. Это говорит о достоверной гомологичности последовательностей, находящихся выше порога и о том, что последовательности, находящиеся ниже порога не являются гомологами заданной последовательности.
3. Список стабилизируется после 4 итерации. Значения худшего и лучшего E-value от итреации к итерации сильно варьируют.
4. ПОсле 14 итерации список так и не стабилизировался. Оба значения E-value после каждой итерации сильно варьировали, да и список последовательностей после каждой итерации сильно менялся.


Наблюдения:
1. Когда перестают появляться новые последовательности выше порога E-value, худшее значение выше порога E-value может измениться еще один раз.
2. С каждой новой итерацией число последовательностей в списке выше порога чаще всего увеличивается, хотя может уменьшаться.
3. Чем сложнее стабилизируется список последовательностей, тем больше варьируют E-value.


Изменения E-value:
В Таблице представлен ход изменения значений E-value для двух последовательностей - гомологов моего белка.



номер итерации	A7ZAH3.1	Q57151.1
1	5e-149	3e-08
2	4e-108	3e-67
3	5e-75	4e-54
4	8e-61	9e-44
5	7e-56	8e-40


Значения E-value для последовательностей после первой и последующих итераций сильно меняются, последовательности в начале и конце списка приближаются друг к другу по E-value в случае с трудно стабилизирующимся списком. В случае быстрой стабилизации списка (как пример со вторым белком) значения E-value меняются незначительно.


Задание 2




ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	4	155	0,001	0,001	188	1e-10	0.004


Список стабилизировался уже на 4 итерации, так как заданы более жесткие условия отбора - порог 0,001.

Можно предположить, что максимальный порог можно взять равным 0,004 (как E-value лучшей находки ниже порога), но, как показала практика, список в этом случае меняется и не стабилизируется после 5 итерации. Остается предположить, что порог 0,001 и является максимально возможным для формирования такого списка, так как E-value 0.001 - худшее значение среди находок выше порога. То есть не остается резерва для находок с еще большим E-value, а все последовательности с меньшим E-value уже отобраны.