На страничку первого семестра

Торсионные углы. Карта Рамачандрана



1) Измерение торсионных углов остатка Thr10 в белке IOLI_BACSU, цепь А

Название
двугранного
угла 		Угол определяется по координатам атомов
(обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol,
в скобках – название атома) 		Данный угол описывает
поворот вокруг связи 		Результат измерения
с помощью RasMol
φ
  1. THR9:A.C (карбонильный углерод 9-го остатка цепи А)
  2. THR10:A.N (азот аминогруппы 10-го остатка цепи А)
  3. THR10:A.CA (α-углерод 10-го остатка цепи А)
  4. THR10:A.C(карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
 Ni - Cα i Торсионный угол -123.0
ψ
  1. THR10:A.N (азот аминогруппы 10-го остатка цепи А)
  2. THR10:A.CA (α-углерод 10-го остатка цепи А)
  3. THR10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
  4. LEU11:A.N(азот аминогруппы 11-го остатка цепи А)
 Сiα - Ci Торсионный угол 34.9
ω
  1. THR10:A.CA (азот аминогруппы 10-го остатка цепи А)
  2. THR10:A.C (α-углерод 10-го остатка цепи А)
  3. LEU11:A.N (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
  4. LEU11:A.CA(α-углерод 11-го остатка цепи А)
 Сi - Ni+1 Торсионный угол -170.9

2) Изображение, иллюстрирующее определение угла φ
3) Карта Рамачандрана

Карта Рамачандрана позволяет с высокой степенью точности определить вторичную структуру белка. С помощью карты можно установить, какие торсионные углы характерны для α-спиралей и для β-листов, для различных аминокислотных остатков.

Карта Рамачандрана для всех аминокислотных остатков IOLI_BACSU, остатков пролина и глицина.

Значения торсионных углов остатков глицина разнообразны. Это обусловленно строением молекулы: отсутствием громоздкой боковой группы, что облегчает вращение вокруг связей.

Значения торсионных углов остаткв пролина лежат в довольно узком диапазоне: угол φ (фи) принимает только отрицательные значения. Такое ограничение обусловлено строением молекулы: наличием цикла, включающего в себя α-углерод и азот иминогруппы, затрудняющего вращение вокруг связей.
Карта Рамачандрана для аминокислотных остатков α-спиралей и для β-листов.

Большинство значений торсионных углов в α-спиралях почти одинаковы и приблизительно равны (-60,-60). Это обусловленно тем, что остов белка в данных участках имеет укладку α-спирали.


В β-листах значения торсионных углов также принадлежат ограниченному дапазону (большинство по ψ от 100 до 180, по φ от -60 до -170) Это обусловлено характером укладки β-листа. Разброс значений торсионных углов больше, чем в α-спиралях.

© Karavaeva Julia 2009