На страничку первого семестра

Пространственная структура IOLI_BACSU (PDB ID 1I6N)




Заголовок структуры:
STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION (02-MAR-01) 1I6N
Структурная геномика, неизвестная функция (02-марта-01) 1I6N


Название структуры:
A CRYSTAL STRUCTURE OF IOLI PROTEIN WITH A BINDING ZINC
Кристаллическая структура белка IOLI со связанным ионом цинка


В документе представлены следующие цепи макромолекул:
 
Идентификатор цепи Число остатков Название молекулы Комментарии
A278IOLI protein 

В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:
ID Название Формула Число молекул Комментарии
ZnИон цинка Zn 2+1  
HOH Aqua H2O 174* Число молекул воды, входящих
в гидратную оболочку белка,
может быть различным.

Работа с пространственной структурой IOLI_BACSU


Скрипт к упражнению 4
На схеме использованы следующие обозначения:
Желтая проволока - остов протеина,
зеленый шарик - ион цинка,
синие точки - молекулы воды.


Размеры и форма белка IOLI_BACSU
  1. Внешне структура напоминает короткий цилиндр, скошенный и вдавленный внутрь с одной строрны.
  2. Размеры белка:
    Параметр атом 1 атом 2 расстояние между атомами
    Ширина Lys119A.NZ Thr256A.CG2 52.373 Å
    Ширина Asp206.OD2 Glu91A.CB 44.723 Å
    Высота Glu109A.OE1 Asp192A.OD2 37.601 Å
    Высота Thr35A.CB Lys94A.CE 17.931 Å
  3. Аппроксимируем белок цилиндром высоты 38 Å и диаметра 52 Å
  4. Если аппроксимировать клетку Escherichia coli цилиндром радиуса 0,5 мкм и высоты 2 мкм, то в клетке поместится приблизительно 19448850 молекул белка iolI_Bacsu.
  5. Если предположить, что все 4400 белков кишечной палочки были синтезированы одновременно и в равных количествах, размеры всех белков одинаковы и равны размерам белка iolI_Bacsu и в клетке ничего нет, кроме белков, то можно сказать, что каждый белок будет представлен 4420 молекулами.

Сравнение двух изображений третьего аминокислотного остатка iolI_Bacsu
С помощью команды "restrict LEU3" в RasMol было получено изображение третьего аминокислотного остатка белка iolI_Bacsu. Разница в изображениях, полученных в ChemSkech и RasMol заключается в следующем:
  1. В ChemSkech было получено изображение аминокислоты, а в RasMol - аминокислотного остатка.
  2. ChemSkech рисует атомы водорода, а RasMol - нет, так как ChemSkeh строит изображение на основе теоретических данных, а RasMol - на основе данных, полученных с помощью рентгеноструктурного анализа. Рентгеноструктурный анализ не позволяет определить координаты атомов водорода из-за их размеров.
  3. Пространственное строение боковой группы различно на двух полученных изображениях. Это может быть обусловлено тем, что ChemSkech строит изображение отдельной аминокислоты на основе только теоретических расчетов, а RasMol - на основе данных рентгеноструктурного анализа, при этом учитывается и взаимодействие атомов боковой группы лейцина с атомами боковых групп других аминокислотных остатков.

    4. © Karavaeva Julia 2009