Вычисление параметров для молекулярной механики

Вернуться к списку занятий



  • Задание 1.

    • Получен входной файл: et.inp.
  • Задание 2.

    • Файл, полученный при обработке программой GAMESS: et.log.


  • Задания 3,4.

    • Скрипт.
    Длина связи изменена на соответствующую et.inp (1.52986 А).
    На выходе получаем 21 файл с измененной длиной связи от 1.32986 до 1.72986 A. Обрабатываем эти файлы программой GAMESS. Извлекаем из log-файлов значение энергии. Записывает в файл значения энергии и длины связи. Команда для запуска: bash ./make_b.bash > bond
    Файлы счета в папке for_bond.

  • Задание 5. Зависимость энергии молекулы от длины одной связи.

    • С помощью программы gnuplot строим зависимость энергии от длины связи.
    (запуск программы: Xming->XLaunch. Multiple windows. Next. Start Program. Run Remote-> Putty. kodomo, username-> рабочая директоия в Putty-> gnuplot)
    plot "bond"
    f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b
    Задаем коэффициенты функции f(x)=a+k(x-b)^2:
    a=-80
    k=1
    b=1.5
    Подгонка коэффициентов:
    fit f(x) "bond" via a,k,b
    a = -79.7652
    k = 0.563608
    b = 1.55432
    Полученная зависимость:

    Функция неточно совпадает с точками, так как данный участок потенциала Мориса имеет более сложную зависимость.


  • Задание 6. Зависимость энергии молекулы от величины валентного угла CCH.

    • Скрипт.
    Полученный файл - значения энергии и величины угла (от 109.2 до 113.2).
    Файлы счета в папке for_angles.

    Полученные коэффициенты:
    a=-79.7647
    k=3.56075e-05
    b=111.38
    Полученная зависимость:

    Хорошая аппроксимация.


  • Задание 7. Зависимость энергии молекулы от величины торсионного угла d3 .

    • Скрипт.
    Полученный файл - значения энергии и величины торсионного угла (от -180 до 180).
    Файлы счета в папке for_torsion.

    Полученные коэффициенты:
    a=0.00234519
    k=3.00014
    b=-79.7623
    Полученная зависимость:

    Три минимума.


  • Задание 8. Шаг при рассчете связи 0.1А.

    • Скрипт.
    Полученный файл - значения энергии и длины связи.
    Файлы счета в папке add_task.

    Данная зависимость описывается потенциалом Мориса:
    f(x)=d*(1-exp(-a*(r-re)))*(1-exp(-a*(r-re))) + f
    Значения коэффициентов: re=1.52986.
    d= 0.203101
    a= 1.68365
    f= -79.7672

    Полученная зависимость:




    © Karavaeva Julia 2009