Согласно pymolwiki, Sculpting - программа, позволяющая изменять вручную структуру исследуемой молекулы и затем оптимизирующая полученную структуру(то есть уменьшать ее энегрию). Однако это реализуется засчет того, что пограмма старается вернуть исходную геометрию длин связей, углов, хиральности, планарности измененной части молекулы. Насколько я понимаю, логика такова, что поскольку исходные параметры являлись оптимизированными, то при возвращении к ним энергия структуры будет оптимизироваться. Минус в том, что такой подход не учитывает влияния нового окружения атомов, плюс - быстрота реализации, нет необходимости проводить сложные квантово-механические рассчеты.
Водородные связи между лигандом и боковыми цепями гидрофильных остатков (Glu-35, Asn-46, Asp-52, Asn-59, Trp-63, Asp-101, Asn-103) и с атомами остова остатков Ala-107, Val-109:
Для того, чтобы лиганд не связывался в активном центре необходимо заменить гдрофильные остатки активного центра на гидрофобные, однако скорее всего замена одного из остатков мало повлияет на связывание лиганда в активном центре. Во всяком случае, определить "на глаз", какой из остатков наиболее критичен для связывания лиганда нельзя. Однако известно, что остатки Glu-35 и Asp-52 выполняют каталитическую функцию. В таком случае заменив Glu-35 гидрофобным Leu мы не только ухудшаем связывание лиганда, но и блокируем каталитическую функцию фермента. КРоме того, при замене гидрофильного остатка гидорфобным, скорее всего изменится конформация активного центра, что так же затруднит связывание лиганда.
Скрипт
