Занятие 1.
Введение в PyMOL.

1. Работа в PyMOL с записью 1KMY банка PDB.

Определим какой ион присутствует в структуре. Для этого пропишем следующие команды:

hide all
show spheres,het

Мы увидим все гетероатомы (в том числе ионы, атомы лигандов и воды), присутствующие в данной структуре, затем, узнав их названия, поймем, что ион - железо +2. Правильность определения покажем просмотрев PDB файл:

HET         FE2  A 500       1                                                       
HET         BPY  A 300      14                                                       
HET         TBU  A 601       5                                                       
HETNAM      FE2 FE (II) ION                                                      
HETNAM      BPY BIPHENYL-2,3-DIOL                                                
HETNAM      TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL                                           
HETSYN      TBU 2-METHYL-2-PROPANOL                                              
FORMUL   2  FE2    FE 2+                                                        
FORMUL   3  BPY    C12 H10 O2                                                   
FORMUL   4  TBU    C4 H10 O                                                     
FORMUL   5  HOH   *115(H2 O)

Затем получим изображение окрестности иона с остатками и лигандами, связанными с ионом координационными связями.

Пользуемся знанием того, что:
show вид, множество  - показать
hide вид, множество  - очистить
"вид" – графическая модель, основные: lines, sticks, spheres, ribbon, cartoon; 
"множество" – множество атомов:
all	      -  Всё	 
none	      -  Ничего	 	 	 
resi	      -  Остатки с данными номерами
name	      -  Атомы с данными именами
around       -  Атомы, близкие к данному множеству (symbol zn around 3.5)
ray          -  Картинка высокого качества
png xxx.png  - Сохранит картинку
Используем операторы and, or и not.

2. Изучение треонинов в записи 5RXN банка PDB.

В начале просмотрим содержание документа:
Структура была расшифрована 15 октября 1984 года.

HEADER    ELECTRON TRANSFER(IRON-SULFUR PROTEIN)  15-OCT-84   5RXN

Разрешение, с которым была открыта структура, - 1.2 ангстрема.

REMARK   2 RESOLUTION.    1.20 ANGSTROMS.

Информации об изучаемых остатках в поле REMARK не было.
Получив изображения треонинов (show sticks, resn thr), замечаем, что зеркальной симметрии не наблюдается между молекулами. Если рассматривать отдельные треонины, то видим, что 2 атома хиральны (CA и CB). Наличие двух возможных вариантов строения остатков треонина является ошибкой в PDB файле, так как на самом деле в природе встречается только одна его конформация - L-ряд.

3. Изучение остатков 21 в 4х цепях в записи 2B5A банка PDB.

В начале просмотрим содержание документа:
Структура была расшифрована 28 сентября 2005 года.

HEADER    GENE REGULATION                         28-SEP-05   2B5A

Разрешение, с которым была открыта структура, - 1.54 ангстрема.

REMARK   2 RESOLUTION.    1.54 ANGSTROMS.

Информации об изучаемых остатках в поле REMARK не было.
Во всех цепях остатки под номерами 21 - это глутамины (Gln). Странно было заметить, что изображение одного глутамина отличалось от других 3-х. Это скорее всего ошибка в файле PDB,так как этот глутамин является представителем R-ряда.

4. Создание скрипта для задания 3.

Для выполнения 3 задания был написан скрипт :

load 2B5A.pdb
bg_color white
hide all
show sticks, resi 21
select sele, resi 21
orient sele
ray
png ray

Занятие 1. Введение в PyMOL.

1. Работа в PyMOL с записью 1KMY банка PDB.

2. Изучение треонинов в записи 5RXN банка PDB.

3. Изучение остатков 21 в 4х цепях в записи 2B5A банка PDB.

4. Создание скрипта для задания 3.

Занятие 1.
Введение в PyMOL.