Занятие 3.
Электронная плотность.

1. Работа с записью 2B5A банка PDB .

В записи 2B5A глутамин 21 цепи C имеет две альтернативных конформации, такие же глутамины трёх других цепей – по одной конформации.
Файл с необходимой электронной плотностью возьмем с kodomo.

Чтобы загрузить pdb и файл с плотностью необходимо выполнить следующие команды:
load 2b5a.pdb, 2b5a_coo
load 2b5a.omap, 2b5a_map

Затем визуализируем электронную плотность вокруг заданного ммножества командами isomesh или isodot:
isomesh yv_map, 2b5a_map, 1.5, resi 15-17, 2.5
Здесь "yv_map" – имя нового объекта с изображением поверхности, "2b5a_map" – имя объекта с электронной плотностью,
"1.5" – уровень (значение электронной плотности на изображаемой поверхности в электронах на A3);
далее идёт множество, электронную плотности вокруг которого вы хотите изобразить.
Последний аргумент – так называемый "buffer". Если его не задать, то будет изображена электронная плотность в наименьшем параллелепипеде
(со сторонами, параллельными координатным осям), в который помещаются центры атомов данного множества. Если же задать ему значение, 
скажем, 2.5, то этот параллелепипед будет расширен на 2.5 ангстрема в каждую сторону. Как правило, от умеренного расширения картинка
становится вразумительнее.
Команда isodot имеет точно такой же синтаксис.
Изображения можно красить командой color и уничтожать командой delete.

Изображение глутамина 21 из цепи С записи 2b5a.

Уровень 0.5 окрашен в желтый цвет, уровень 1 - белого цвета. A и B соответсвующие конформации глутамина.

Изображение глутамина 21 из цепи A записи 2b5a.

Уровень 0.5 окрашен в желтый цвет, уровень 1 - белого цвета.

2. Работа с записью 1LI5 банка PDB.

Аналогично рассмотрим гистидин 297 цепи А из записи 1LI5.

Для того, чтобы получить электронную плотность для 1LI5 зайдем на сайт EDS и найдем информацию о нужной записи PDB.
На странице с этой информацией в разделе Download выберем "Maps" и карту в формате по умолчанию (O и 2mFo-DFc).
Скачанный файл необходимо разархивировать с помощью Far manager. Полученная плотность.

Изображение гистидина 297 из цепи A записи 1li5.

Уровень 0.5 окрашен в желтый цвет, уровень 1 - белого цвета.

Рассмотрим в каких координатах задан наш белок:

CRYST1  119.160  119.160  144.300  90.00  90.00  90.00 P 41 21 2    16          
ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         
SCALE1      0.008392  0.000000  0.000000        0.00000                         
SCALE2      0.000000  0.008392  0.000000        0.00000                         
SCALE3      0.000000  0.000000  0.006930        0.00000