Занятие 1.

Будем работать в PyMOL с записью 1LMP банка PDB.

  1. Средствами Tcl/Tk интерфейса (Wizard->Mutagenesis) проведем мутацию в белке, которая должна привести к потере связывания с лигандом (по моему мнению). Предварительно оценим зону контакта.

    2. Для того, чтобы оценить зону контакта, посмотрим какие остатки находятся рядом с лигантом и какова поверхность контакта с ними:

    Список остатков:

    GLU 35

    ASN 46

    ASP 52

    GLN 57

    ASN 59

    TYR 62

    TRP 63

    ASP 101

    ASN 103

    ALA 107

    TRP 108

    VAL 109

    Проведем мутацию по триптофану 63 - заменим его на аланин:

  2. Используя команды mset, mview, super, translate создадим анимационный ролик (mpeg), где происходит совмещение белков и показывается место мутации.

    3. Обратим внимание на указания в object motions на pymolwiki.

    1LMP и Мутант

    Скрипт и Видео

  3. Создадим поли-аланиновую последовательность в форме валентинки.

    4. Для изменения формы используем режим Builder и изменяем торсионные углы. Ctrl+RightClick выбор связи, Ctrl+LeftClick вращение.

    Сердечко наше храниться в файле.

© Пискунова Юлия 2011