Занятие 7.

Технические характеристики 1LI5 записи PDB.

Разрешение	2.30 A
Число рефлексов	45854
Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного)	98.3%
R-фактор	0.245
Свободный R-фактор	0.283
Количесво рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора	4632
Процент рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора	10.1%
Кристаллографическая группа и тип симметрии (P, I, ...)	P 41 21 2
Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решётки)	119.160 119.160 144.300
Ортогональны ли базисные периоды?	да
Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой (используемой в записи PDB)?	да
Совпадает ли (по данным записи PDB) биологическая единица с ассимметрической единицей, записанной в файле?	нет
Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1? (поля ATOM)	нет

Используемые данные:

Вычисление относительных координат одного из Сα-атомов белка 1LI5.

Выберем один из Сα-атомов белка 1LI5:

ATOM   2527  CA  ALA A 345      70.744 106.192 58.579 1.00 20.81      C

Затем найдем необходимую нам матрицу и вектор преобразований:

SCALE1      0.008392  0.000000  0.000000        0.00000                         
SCALE2      0.000000  0.008392  0.000000        0.00000                         
SCALE3      0.000000  0.000000  0.006930        0.00000

Относительные координаты вычисляются умножением матрицы на координаты, после этого прибавляется вектор:

Xotn= 70.744*0.008392  = 0.593684 
Yotn= 106.192*0.008392 = 0.891163 
Zotn= 58.579*0.006930  = 0.405953

Биологическая и ассиметрическая единица по записи PDB 1ZAY

С сервера PDBe достанем файл с биологической единицей записи 1ZAY PDB.

Kнопка "Download", строка "Assemblies" в открывающейся таблице.

Асимметрическая единица для записи 1ZAY:

Биологической единица для записи 1ZAY:

Анализируя структуру ассиметрической единицы, невозможно узнать, как белок связывается с ДНК(т.к. есть только одна из цепей ДНК), а также, как взаимодействуют между собой две молекулы белка.

©Пискунова Юлия 2010