Работа в командной строке Linux.Программы выравнивания последовательностей пакета EMBOSS.

Основные задания

1.Работа в командной строке Linux:

1)С помощью программы «putty» попадаю на kodomo-count.cmm.msu.ru(по протоколу ssh). Затем ввожу команду «ls», появились наименования папок, которые находятся в моей

директории, а именно Term_1, Term_2 и public_html,а так же файл winscp.RND. Затем ввожу команду «ls ..»-она выводит меня из моей папки к общему списку папок(а точнее в папку

y08). Выполняю команду "cd ..", а затем команду "ls"-оказываюсь в той же папке. Дальнейшее повторение команд выводит на одну директорию вверх.Последней не меняющейся

картиной является верхняя папка(root). С помощью команд «cd и название папки»-для входа в папку и «ls»-для просмотра содержимого директорий попадаю в папку моей

директории Practice5.

2)Использование клавиш вверх-вниз – возвращает использованные команды. Команда «history» - выдает все использованные команды, пронумеровав их. Команда "more", затем после

пробела — первую букву имени файла, затем клавиша - программа находит этот файл и пишет полное его название.

2.Построение и сравнение оптимального глобального и оптимального локального выравнивания 2-х последовательностей:

1)Работа с needle. Сначала создаю файл в формате .fasta c последовательностью белка Q9HQL9. С помощью команды «needle syc_ecoli.fasta syc_halsa.fasta BELOCJ.needle –auto»

получила файл, в котором содержится результат парного выравнивания. После команды «needle syc_ecoli.fasta syc_halsa.fasta Juli.needle» и указания параметров в 2 раза больших- мы

получаем файл, в котором общая цена выравнивания меньше, т.к. мы увеличили цену штрафа. Само выравнивание не изменилось. Полученное выравнивание парное глобальное:

2)Работа с water. Команды для работы в программе такие же как в needle. Создаю так же выравнивания с параметрами в 2 раза большими и в 2 раза меньшими. Полученное выравнивание парное локальное:

3. Сравнение полученных выравниваний 2-х последовательностей.


Дополнительные задания

1.Построение карты локального сходства заданных последовательностей с помощью программы dotmatcher пакета EMBOSS.

В putty с помощью команды "dotmatcher syc_ecoli.fasta syc_halsa.fasta -graph cps -xygraph none" получаю файл dotmatcher. С помощью программы "GSview" получаю изображение

карты локального сходства.

2.Получение нескольких субоптимальных локальных выравниваний заданных последовательностей с помощью программы matcher пакета EMBOSS.

С помощью команды "matcher syc_ecoli.fasta syc_halsa.fasta ma.matcher -alt 5" получаю 5 субоптимальных выравниваний. Выберу несколько субоптимальных выравниваний, в которых

фрагменты последовательностей не совпадают с выровненными фрагментами в оптимальном выравнивании.

Второй семестр
На начальную страницу


©Пискунова Юлия 2008