Пробные выравнивания

Основные задания

Определить положение фрагмента в полной последовательности

Создаю файл с помощью FARе fullANDpart.fasta, в нем сохраняю данную мне последовательность и последовательность

моего белка (SYC_ECOLI). Затем импортирую этот файл в программу GeneDoc. Там получаю полное совпадение последовательностей.

Заданный фрагмент соответствует позициям 196–218 в полной последовательности белка SYC _Ecoli.

Построить "наилучшее" выравнивание вручную

Исходные последовательности имеют разную длину: первое-23,второе-22. Длина выравнивания 26. Вес выравнивания будем считать

по формуле W = M – nG, где M — число совпавших букв, G — штраф за пропуск, равен 2, n — общее число пропусков. Тогда W равен 11 (13-1*2).

Процент идентичности двух выровненных последовательностей считаем, как число совпадений поделенное на длину выравнивания: ( 13 : 26 ) * 100 % = 50 %.

Полученное выравнивание.

Найти первую с N-конца выравнивания "близкородственную" замену а.о.

Близкородственная замена в моем выравнивание наблюдается в 18 позиции. Поменявшиеся а.о. M или метионин и I или изолейцин.

Вес такой замены согласно таблице BLOSUM62 равен 1. Такая замена могла произойти в результате

замены одного (третьего) основания ДНК, т.к. ATT,ATC,ATA соответствуют изолейцину, а ATG-метионину. Оба а.о. не встречаются в виде

ионизированных форм и их размеры относительно одинаковые, поэтому такая замена не существенно скажется на физико-химических

свойствах белка. Диагональные элементы легко отличить от других: они имеют относительно большие положительные значения.

Для выполнения упражнения было достаточно пользоваться только половину таблицы.

Дополнительные задания.

Определить % сходства выровненных фрагментов

Если процентом сходства считать отношение числа колонок со сходными буквами к общему числу, умноженное на 100%, а сходными

буквами считать такие, для которых значение элемента матрицы BLOSUM62 положительно, то процент сходства выровненных

участков равен 53,85%.

Построить иное выравнивание 2-х заданных фрагментом с весом не хуже, чем получилось в обязательном упр.2

Получила еще одно выравнивание из данных упражнения 2.Дополнительное выравнивание

Длина выравнивания последовательностей так же 26. Вес выравнивания будем считать, так же как и в упражнении 2

(по формуле W = M – nG), тогда W равен 9 (11-1*2). Процент идентичности выровненных последовательностей получился

равным ( 11 : 26 ) * 100 % = 42,3 %. Получается, что данное выравнивание хуже, чем полученное в упр. 2.

Придумать, как с помощью функций Excel из матрицы BLOSUM можно получить список замен вида "W-Y вес=...".