Создание паттерна по выравниванию семейства белков

1. Поиск паттерна одного из рибосомальных белков в банке Prosite

Белок: RL9_BACSU(P37437) (рибосомальный белок B.subtilis)
В банке Prosite была обнаружена 1 находка- паттерн PS00651
Описание: рибосомальный белок L9-один из белков большой субъединицы рибосомы. Как известно,в E.coli белок L9 непосредственно связывается с 23S рРНК. Он принадлежит к семейству рибосомальных белков, которые были объединены по сходству последовательностей L9:
-эубактерий
-цианобактерий
-хлоропластов растений(закодирована в ядре)
-хлоропластов красных водорослей.
Для создания значимого паттерна была выбрана консервативная область на N-концевом участке этого белка.

Consensus pattern: G-x(2)-[GNF]-x(4)-[VAI]-x(2)-G-[FY]-x(2)-[NH]-[FYWL]-L-x(5)-[GA]-x(3)-[STNG]
Технические характеристики паттерна:
-751 находка среди 751 различных последовательностей;
-Число известных потерянных находок:46
-Число лишних находок:0
-Точность(Precision (true hits / (true hits + false positives))):100%
-Чувствительность(Recall (true hits / (true hits + false negatives))):94.23 %

2. Создание паттерна для поиска белков подсемейства

В качестве подсемейства был выбран отдел Firmicutes.
Выборка из отдела Firmicutes:
RL9_BACSU
RL9_GEOKA
RL9_LACLM
RL9_CLOTE
RL9_BACAN
RL9_LISMO
RL9_STAES
RL9_PEDPA
RL9_STRPN
RL9_THETN

Выборка из других бактерий( бактерии других отделов):
RL9_ARTAT
RL9_BIFLD
RL9_BACTN
RL9_CHLTA
RL9_ANAVT
RL9_ACIB3
RL9_BORGA
RL9_ACTPJ
RL9_CHLTB
RL9_LEPIN

-Было создано выравнивание из всех белков (из подсемейства и контрольных);
-В GeneDoc выделена группа из белков подсемейства(фиолетовая), и выделены цветом консервативные внутри группы позиции.
Выравнивание

-Был выбран участок среди последовательностей белков из Firmicutes,содержащий большое количество консервативных позиций, по которому и строился паттерн(в выравнивании выделен желтым).
Созданный паттерн проверялся на всех белках бактерий из Swiss-Prot. Паттерн постепенно ослаблялся для того,чтобы количество его находок и находок исходного (т.е., взятого из Prosite) паттерна на таксоне Firmicutes были приблизительно равны( отклонение<10%).
Паттерн:M-K-X(5)-D-V-K-X(3)-K-X(6)-V
Количество находок: 134 против 142(сравнение находок ).

Главная страница
Страница четвертого семестра