A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Задание 1. Построить модели структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA.

(вид сверху)

A-форма ДНК	B-форма ДНК	Z-форма ДНК

Задание 2. Средства RasMol для работы со структурами нуклеиновых кислот.

Упр1. Данный скрипт позволяет последовательно выделить:
а) сахарофосфатный остов ДНК;
б) все нуклеотиды;
в) все аденины;
г) атом N7 в первом по последовательности гуанине.

Упр2.Файлы PDB
тРНК
ДНК-белковый комплекс

Упр.3. Проверить заданные структуры ДНК и РНК на наличие разрывов.
И в ДНК, и в РНК разрывы отсутствуют.

РНК
ДНК

Задание 3. Сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств RasMol.

Упр.1. Большие и малые бороздки.

Гуанин в структуре В-формы ДНК:

G33 Chain:B :

Упр.2. Сравнить основные спиральные параметры разных форм ДНК.

	A-форма	B-форма	*Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	левая
Шаг спирали (Å)	28,52	33,75	37,28
Число оснований на виток	12	10	11
Ширина большой бороздки	16,97 T31B.P-G13A.P	17,46 T23B.02P-A14A.01P	18,30 C12B.P-C4A.P
Ширина малой бороздки	7,28 T23B.01P-T11A.01P	10,90 A26B.01P-T19A.01P	8,68 G9A.P-G17B.01P

Упр.3. Сравнить торсионные углы в структурах А- и В-форм.

Торсионные углы для гуанина	α	β	γ	δ	ε	ξ	χ
А-форма Презентация	-62	173	52	88 или 3	178	-50	-160
А-форма RasMol	64.06	174.79	-74.85	79.04	-147.77	-75.06	-157.21
B-форма Презентация	-63	171	54	123 или 131	155	-90	-117
B-форма RasMol	85.87	136.38	-88.16	-92.80	105.85	28.61	62.13

Задание 4. Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA.

Определение торсионных углов нуклеотидов

Углы	α	β	γ	δ	ε	ξ	χ
А-форма	-51.7	174.8	41.7	79.1	-147.8	-75.1	-157.2
B-форма	-29.9	136.3	31.2	143.3	-140.8	-160.5	-98.0
Z-форма	-139.5 или 52.0	-136.7 или 179.0	50.8 или -173.8	137.6 или 94.9	-103.6 или -96.5	-64.8 или 81.9	-154.3 или 58.7

Для тРНК: значения торсионных углов тРНК
Для ДНК: команды find_pair и analyze не проводят операции с файлом dna0.pdb,т.к. error: unknown residue DT 4001 on chain A.

Номера нуклеотидов,образующих стебли в заданной структуре тРНК:
Акцепторный стебель:501-507 и комплементарный ему участок 572-566
D-стебель:510-513 и 525-522
T-стебель:549-553 и 565-561
Антикодоновый стебель:538-544 и 532-526
Неканонические пары оснований в структуре тРНК:
G2-U71
A38-C32
A44-G26
Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру (комплементарные пары, не имеющие отношения к стеблям):5 водородных связей
Стекинг-взаимодействия:большая площадь перекрывания 2x последовательных пар азотистых оснований AC/GC(section 21)
Cтекинг-взаимодействие оснований А544-G526/C525-G510:

Главная страница
Страница третьего семестра