Функции генов и их продуктов

В качестве запроса для банка GO были выбраны два слова: two-component system и sensor activity.

Результаты упражнения 1

1. Термин: two-component sensor activity (двухкомпонентная сенсорная активность)

2. Идентификатор GO-0000155

3. Количество синонимов 2: двухкомпонентная сенсорная молекула(точный) и двухкомпонентная система сенсорной активности (более строгий)

4. Определение термина: катализ фосфорилирования специфического регулятора транскрипции в ответ на присутствие определенного вещества снаружи клетки

5. Количество родителей: 2 (связь is_a)

6. Количество дочерних терминов: нет

Полученный граф содержит только связи типа is_a, поэтому показать чем различаются связи типов is_a и part_of на его примере нельзя.

Связь is_a устанавливается, если родительский термин (куда входит стрелочка) полностью содержит в себе дочерний (откуда выходит стрелочка). Связь part_of означает: во-первых, дочерний термин всегда является частью материнского, но материнский может и не содержать дочернего; во-вторых, что дочерний термин всегда подразумевает материнский, а материнский дочерний.

Зачетное задание

Организм: Danio rerio

Локализация белков в митохондриях

Данные на 29 июня 2006года

Колличество найденных белков Запрос

Всего 16773 Query "(([uniprot-Species:Danio*] & [uniprot-Species:rerio*]) | [uniprot-Species:Danio rerio*]) " found 16773 entries

С идентификаторами всех 3-х онтологий GO 3678 Query "(((([uniprot-Species:Danio*] & [uniprot-Species:rerio*]) | [uniprot-Species:Danio rerio*]) & ([uniprot-DbName:GO*] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:C:*]) > parent )) " found 3678 entries
В том числе из митохондрий 28 Query "(((([uniprot-Organism:Danio*] & [uniprot-Organism:rerio*]) | [uniprot-Organism:Danio rerio*]) & ([uniprot-DbName:GO*] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:C:mitochondrion*]) > parent )) " found 28 entries

В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции 0

В том числе только с самыми плохими доказательствами функции 24 Query "((((([uniprot-Species:Danio*] & [uniprot-Species:rerio*]) | [uniprot-Species:Danio rerio*]) & ([uniprot-DbName:GO*] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:C:mitochondrion*]) > parent )) & (([uniprot-DBxref:IEA.*] ! (((((((((([uniprot-DBxref:IDA.*] | [uniprot-DBxref:TAS.*]) | [uniprot-DBxref:IMP.*]) | [uniprot-DBxref:IGI.*]) | [uniprot-DBxref:IPI.*]) | [uniprot-DBxref:RCA.*]) | [uniprot-DBxref:ISS.*]) | [uniprot-DBxref:IEP.*]) | [uniprot-DBxref:NAS.*]) | [uniprot-DBxref:IC.*]) | [uniprot-DBxref:ND.*])) > parent )) " found 24 entries

При выполнении задания использовалась общепринятая иерархиия кодов доказательств

Рыба-зебра

Информация о белке PHOQ_ECOLI в банке EcoCyc

Где? Белок локализуется на внутренней мембране

Для чего? Участник обратимой реакции двухкомпанентной сигнальной системы трансдукции

Что и с чем делает? Сенсорная киназа-фосфотрансфераза PhoQ является членом двухкомпанентной регуляторной системы PhoQ/PhoP. В E.coli, как полагается, эта система играет роль в ответе на недостаток Mg++ и других двухвалентных внеклеточных катионов. Белок PhoQ отвечает на низкую концентрацию внеклеточных двухвалентных катионов автофосфорилированием и активацией регулятора транскрипции PhoP путем переноса фосфатной группы.

	Колличество найденных белков	Запрос
Всего	16773	Query "(([uniprot-Species:Danio] & [uniprot-Species:rerio]) \| [uniprot-Species:Danio rerio*]) " found 16773 entries
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	3678	Query "(((([uniprot-Species:Danio] & [uniprot-Species:rerio]) \| [uniprot-Species:Danio rerio]) & ([uniprot-DbName:GO] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:] & [uniprot-DBxref:F:]) & [uniprot-DBxref:C:*]) > parent )) " found 3678 entries
В том числе из митохондрий	28	Query "(((([uniprot-Organism:Danio] & [uniprot-Organism:rerio]) \| [uniprot-Organism:Danio rerio]) & ([uniprot-DbName:GO] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:] & [uniprot-DBxref:F:]) & [uniprot-DBxref:C:mitochondrion*]) > parent )) " found 28 entries
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции	0
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции	24	Query "((((([uniprot-Species:Danio] & [uniprot-Species:rerio]) \| [uniprot-Species:Danio rerio]) & ([uniprot-DbName:GO] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:] & [uniprot-DBxref:F:]) & [uniprot-DBxref:C:mitochondrion]) > parent )) & (([uniprot-DBxref:IEA.] ! (((((((((([uniprot-DBxref:IDA.] \| [uniprot-DBxref:TAS.]) \| [uniprot-DBxref:IMP.]) \| [uniprot-DBxref:IGI.]) \| [uniprot-DBxref:IPI.]) \| [uniprot-DBxref:RCA.]) \| [uniprot-DBxref:ISS.]) \| [uniprot-DBxref:IEP.]) \| [uniprot-DBxref:NAS.]) \| [uniprot-DBxref:IC.]) \| [uniprot-DBxref:ND.*])) > parent )) " found 24 entries