Главная страница третьего семестра

Метаболические пути. KEGG

Метаболический путь

1. Субстрат - пируват (Pyruvate)

2. Продукт - лактат (L-Lactate)

3. Реакция (одна из многих найденых):

      (S)-Lactate + NAD+ <=> Pyruvate + NADH + H+

4. Изображение реакции при помощи структурных формул:

5. Название фермента - L-лактат дегидрогеназа (L-lactate dehydrogenase)

6. Код фермента - EC 1.1.1.27

  • EC 1 - оксидоредуктазы (Oxidoreductases)

  • EC 1.1 - воздействуют на CH-OH группу донора

  • EC 1.1.1 - акцептором является NAD+ или NADP+

  • EC 1.1.1.27 - L-лактат дегидрогеназа

    7. Возможны два метаболических пути (гликолиз и метаболизм пирувата). В качестве примера рассмотрен метаболизм пирувата.

    8. Из чего (в пределах данного метаболического пути) мог появиться заданный субстрат?

  • Общее число путей - 8

  • Пример - D-лактат (В-lactate)

    9. Во что дальше может превратиться заданный продукт?

  • Общее число путей - 5

  • Пример - Ацетат

    Работа с картой реакций

  • В чем различие результатов поиска метаболического пути со словами "reference" и "map" и без них?

    1. Название заданного пути - метаболизм глицина, серина и треонина

    2. Выбранный фрагмент:

    3. Сравнение ферментов с разным кодом, но катализирующих одинаковые реакции

    КодEC 4.3.1.17EC 4.3.1.19
    Расшифровка кода EC 4 — лиазы
    EC 4.3 — углерод-азотные лиазы
    EC 4.3.1 — лиазы аммония    		 EC 4 — лиазы
    EC 4.3 — углерод-азотные лиазы
    EC 4.3.1 — лиазы аммония
    НазваниеL-сериновая амминолиазаТреониновая амминолиаза
    СубстратL-серинL-треонин
    ПродуктПируват2-оксобутаноат
    Катализируемая реакцияL-serine = pyruvate + NH3L-threonine = 2-oxobutanoate + NH3

    Сравнение метаболических путей у разных организмов

    1. Задание: Биосинтез изолейцина из пирувата (pyruvate) у человека и Arabidopsis thaliana.

    2. Путь - биосинтез валина, лейцина и изолейцина (valine, leucine and isoleucine biosynthesis)

    3. Изображение карты(reference map), соответствующий заданию путь выделен жирной линией

    4. Во фрагменте, соответствующем заданию, 6 реакций. Пируват появляется из биосинтеза пирувата, изолейцин может либо связаться с тРНК, либо разрушиться.

    5. Сравнение путей у заданных организмов (исследуемый путь выделен жирной линией)

    Arabidopsis thaliana

    Человек

    6. Как видно, у человека отсутствуют многие ферменты необходимые для синтеза изолейцина из пирувата. Это значит, что человек не может самостоятельно синтезировать эту аминокислоту и должен получать её с пищей (можно предположить также, что часть пути синтеза за человека проделывают бактерии, живущие в его организме)      



    © Низамутдинов Игорь, 2004