Главная страница третьего семестра

Классификация функций. Ферменты.

Расшифровка кода фермента EC 2.5.1.6
  • EC 2 -трансферазы (Transferases)

       К классу трансфераз относятся ферменты, которые переносят какую-либо группу (например, метильную или гликозильную) с одного соединения (донор) на другое (акцептор).

  • EC 2.5 -алкильные или арильные трансферазы (Transferring alkyl or aryl groups)

       Трансферазы, которые переносят алкильную или арильную группу, но не метильные группы

  • EC 2.5.1 -алкильные или арильные трансферазы (Transferring alkyl or aryl groups)

       Трансферазы, которые переносят алкильную или арильную группу, но не метильные группы

  • EC 2.5.1.6 -метиониновая аденозилтрансфераза (methionine adenosyltransferase)

        Фермент, катализирующий реакцию переноса аденозиновой группы с АТФ на L-метионин, при этом выделяются фосфат и дифосфат. Реакция протекает по схеме:

       ATP + L-methionine + H2O = phosphate + diphosphate + S-adenosyl-L-methionine

    Дополнительные вопросы:

    1. Когда был организован IUPAC?- 1919 год

    2. Когда была организована международная комиссия по номенклатуре ферментов?- В 1955 году.

    3. Когда были утверждены последние изменения/уточнения в номенклатуре ферментов?- В 2002 году.

    Использование средств специализированного ресурса Brenda для характеристики фермента с кодом 2.5.1.6.

  • Реакция, катализируемая метиониновой аденозилтрансферазой

  •    Общее число ферментов с кодом EC 2.5.1.6 - 384

  •    Пример ингибитора с кодом EC 2.5.1.6 - аденозинтрифосфорная кислота (ATP)

  •    Пример активатора с кодом EC 2.5.1.6 - глицерин (Glycerol)

  •    В разделе "Оптимум pH" по коду фермента EC 2.5.1.6 приведено 12 записей, в которых значение pH варьируется от нейтрального (7) до щелочного (9). Среднее по всем ферментам значение оптимального pH составляет 7.8

    Сравнение ферментов с кодом 2.5.1.6 из эволюционно далеких организмов

  • Поиск ферментов с кодом EC 2.5.1.6 из кишечной палочки Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека осуществлялся с помощью SRS через запрос:

    Query "([swissprot-ECNumber:2.5.1.6*] & (([swissprot-EntryName:*_ECOLI*] | [swissprot-EntryName:*_HUMAN*]) | [swissprot-EntryName:*_METJA*])) " found 10 entries

    В каждой последовательности было обнаружено два домена Pfam.

    БелокЧисло доменов PfamИдентификатор PfamПоложение в последовательности
    HEM3_ECOLI2PF01379

    PF03900

    		5 — 217

    225 — 298

    HEM3_HUMAN2PF01379

    PF03900

    		20 — 236

    244 — 234

    HEM3_METJA2PF01379

    PF03900

    		1 — 208

    216 — 292

  • С помощью программы seqret были получены аминокислотные последовательности первого (PF01379) домена:

    seqret sw:P06983 -sask

    seqret sw:P08397 -sask

    seqret sw:Q57989 -sask

  • Далее с помощью программы needle были построены попарные выравнивания:

    needle ecoli.fasta human.fasta ecoli_human.needle -gapopen 10.0 -gapextend 0.5

    needle ecoli.fasta metja.fasta ecoli_metja.needle -gapopen 10.0 -gapextend 0.5

    needle metja.fasta human.fasta metja_human.needle -gapopen 10.0 -gapextend 0.5

  • В результате было получено три выравнивания:

    Парa доменовIdentityВыравнивание
    ECOLI — HUMAN49,1%Посмотреть выравнивание
    ECOLI — METJA38,4%Посмотреть выравнивание
    METJA — HUMAN37,3%Посмотреть выравнивание

    Считается, что функция сохраняется одинаковой у ферментов с Identity~40%, поэтому можно предположить, что исследуемый фермент выполняет схожие функции только у человека и кишечной палочки. Нельзя также забывать, что на полученные значения накладывает отпечаток степень "эволюционной дальности" организмов (бактерии ближе к человеку, чем археи, а к бактериям ближе археи, чем люди)      



    © Низамутдинов Игорь, 2004