Сравнение множественного выравнивания, полученного с помощью программы Clustalw, с "биологически правильным" выравниванием из BaliBase

Блок выравнивания из BaliBase, содержащий нужный фрагмент

идентификатор выравнивания из BaliBase - 1eft_ref1

идентификаторы последовательностей - eftu_theaq, ef1a_sulac, erf2_picpi, selb_ecoli

максимальный процент совпадения последовательностей - 35%минимальный процент совпадения последовательностей - 25%

заданный фрагмент - 151-200

Соответствующий блок, полученный с помощью программы ClustalW

Анализ проводился лишь для аминокислот, прописанных в банке BaliBase заглавными буквами, согласно заданию со 150 по 200 позиции. Как видно, выравнивание, созданное при помощи программы ClustalW не содержит в заданном блоке НИ ОДНОГО верно выравненного столбца. Обьясняется это несовершенством работы программы ClustalW, её стремлением создать выравнивание с наибольшим весом, что не всегда является биологически осмысленным.