Филогенетические деревья

1. Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа

Бутстреп-анализ позволит оценить статистическую надёжность каждого из узлов построенного филогенетического дерева.
Этапы работы:
С помощью fseqboot создала 100 бутстреп-реплик выравнивания:
fseqboot ali.fasta -auto
(результат в ali.fseqboot).
Подала полученные 100 выравниваний на вход программе fdnaml.
В выходном файле (ali.treefile) оказалось 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний.
Запустила программу fconsense. В выходной файл (ali.fconsense) помещены результаты бутстреп-анализа.

CONSENSUS TREE:
the numbers on the branches indicate the number
of times the partition of the species into the two sets
which are separated by that branch occurred
among the trees, out of 100.00 trees

                              +------A
                       +-64.0-|
                +-32.0-|      +------B
                |      |
         +100.0-|      +-------------E
         |      |
  +------|      +--------------------F
  |      |
  |      +---------------------------D
  |
  +----------------------------------C


  remember: this is an unrooted tree!
В скобках даны бутстреп значения ветвей.
Консенсусное дерево   Реальное дерево
    CDFBEA                 CDFBEA 
    ..**** (100)           ***.*. (64) 
    ...*.* (64)            ..*.*. (28)
    ...*** (32)            ..**** (100)

Как видно из схемы только одна ветвь встречалась в 100 случаях из 100. Вторая с вероятностью 64- т.е. этим двум ветвям можно доверять.Третья же встречалась в 32-х деревьях, вероятность довольно мала, поэтому доверять не стоит и действительно, третья ветвь не подтвердилась,а вот "верная" появилась сразу за неправильной с бутстреп значением 28. Возможно это случилось из-за того, что от EF до AB и от CD до AB одинаково большое количество мутаций.

2. Изображение филогенетического дерева в графическом формате

Подала текстовый файл со скобочной структурой <реального> дерева на вход fdrawtree. Получила файл tree.ps с изображением:

На выходе этой программы получаем неукорененное дерево, у которого длина ветвей пропорциональна эволюционным расстояниям.
Назад