Отчет студента Ивина Юрия Юрьевича группы П1
за первый блок первого семестра курса биоинформатики.

1.	 Полное название белка:
rho_ecoli transcription termination factor
2. 	Краткое название:
rho_ecoli 
3.	Название гена:
rho
4.	Номер локуса в бактериальной хромосоме:
b3783
5.	Путь к файлу с последовательностью белка в формате FASTA H:\Term1\Practice2\rho.fasta
6.	Длина последовательности (в а.о.):
641 аминокислоты
7.	Аминокислотный состав белка rho_ecoli(в долях):
A		0.0702
C	       0.0031
D		0.0562
E		0.0827
F		0.0374
G		0.0718
H		0.0172
I		0.0733
K		0.0608
L		0.1123
M		0.0359
N		0.0546
P		0.0452
Q		0.0296
R		0.0733
S		0.0515
T		0.0515
V		0.0546
W		0.0016
Y		0.0172

8.	Молярная масса белка rho_ecoli:
71812.14
9.	Относительное содержание гидрофобных и гидрофильных аминокислотных остатков в белке rho, протеоме Escherichia coli K-12 и в транспортных белках класса ТС.2.А.
0.908424908- в белке rho_ecoli, 
1.1002- в протеоме Eschrichia coli K-12,
7.37056928- в транспортных белках класса ТС.2.А.
Было вычислено отношение количества гидрофобных аминокислот 
к количеству гидрофильных. Во всем протеоме это отношение примерно равно 1, в то время как в бактериальных транспортерах отношение составляет более, чем  7, т.е. количество гидрофобных аминокислот значительно превышает количество гидрофильных аминокислот.
Для rho_ecoli это отношение не сильно меньше среднего по всему протеому E.Coli. Так как бактериальный транспортер - мембранный, то он гидрофобен, т.к. мембрана также гидрофобна, а белок должен проникать внутрь мембраны.
Из отношения количества гидрофильных аминокислот к количеству гидрофобных для белка rho_ecoli можно сделать вывод, что скорее всего белок цитоплазматический, т.к. он не гидрофобен, а немного гидрофилен.
10.	Средний электрический заряд белка rho_ecoli при 3-х значениях рН
98.93 - при pH=1
0.52 - при pH=7
-1.69 - при pH=8

11.	Качественное сравнение аминокислотного состава белка rho_ecoli , среднего состава протеома E.coli и равномерного распределения.
 
Третья задача четвертого практикума состояла в построении диаграммы, 
иллюстрирующей аминокислотный состав белка rho_ecoli в сравнении со средним 
аминокислотным составом протеома E.coli.
Диаграмма построена в книге AA.xls(H:\Term1\Practice4\AA.xls) на листе comparison.
 Столбцами на ней обозначены частоты аминокислотных остатков в rho и во всем протеоме,
 а графиком - равномерное распределение аминокислот(т.е. если бы каждой кислоты было бы поровну -   по 0,05).
По этой диаграмме видно, что во всем протеоме Escherichia coli имеются существенные отклонения от
 равномерного распределения. Например, аланина почти в два раза больше,чем 0,05, такая же ситуация
 с лейцином. Глицина и валина в 1,5 раза больше,чем 0,05. В свою очередь, цистеина и триптофана более,
чем в два раза меньше,чем 0,05, а метионина и гистидина почти в 2 раза меньше. Таким образом,
 распределение по частоте аминокислотных остатков в протеоме E.coli далеко не равномерное.
В свою очередь,аминокислотный состав белка rho также отличается от среднего аминокислотного состава всего протеома и равномерного распределения аминокислот.
  Отличие между равномерным распределением аминокислот и их содержанием в rho_ecoli:
В rho_ecoli содержится 
		значительно больше: аланина, аспарагиновой кислоты, глутамина,
глицина, изолейцина, пролина.
		значительно меньше: аргинина, глутаминовой кислоты, лейцина, 
фенилаланина, тирозина, валина.
  Отличие между содержанием аминокислот в rho_ecoli и в E.coli:
В rho_ecoli содержится
		значительно больше: аспарагиновой килоты, глицина, гистидина, лизина и пролина;
		значительно меньше: аргинина, фенилаланина, триптофана, тирозина и валина.