Задача - создать выборку белков, имеющих то же описание функций в базе данных Swiss-Prot,
что и белок L25 50S субъединицы рибосомы E.coli.

Часть 1.
Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных
последовательностей Swiss-Prot, release: дата создания 21 июля 1986,
дата последнего исправления аннотации 15 марта 2004

Метка поля
(line code)

Запись

Внутренний уникальный постоянный идентификатор документа

AC

P02426

Стандартное имя последовательности (идентификатор последовательности)

ID

RL25_ECOLI

Название белка, отражающее его функции

DE

белок L25 50S субъединицы рибосомы

Дата создания документа

DT

21-JUL-1986

Дата последнего исправления аннотации

DT

15-MAR-2004

Название организма

OS

Escherichia coli и Shigella flexneri

Полное название таксона

Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia

Длина последовательности

SQ

94

Молекулярная масса белка

SQ

10693 а.е.м.

Число публикаций, использованных при создании документа

RN

17

Название журнала с самой свежей публикацией

RL

'Cell' (выпуск 113) - 2003 год 'Infect. Immun.' (выпуск 71) - 2003 год

Описание вторичной структуры

FT

Описание присутствует, оно состоит в указании того, какие участки белковой цепи образуют какие элементы вторичной структуры (то есть какие остатки относятся к бета-тяжам, какие к спиралям, а какие к изломам белковой цепи).

Что содержит поле комментариев?

СС

1. Функции 2. Молекулярная масса 3. Принадлежность к группе белков 4. Коммерческое соглашение

Какие особенности последовательности указаны?

FT

Описана вторичная структура белка (расположение бета-листов, альфа-спиралей и петель по номерам остатков)

Идентификатор файла PDB

DR

1DFU

Часть 2.
Описание процедуры составления выборки

В качестве поисковой системы использовалась система SRS ( http://srs.ebi.ac.uk).


Поиск велся по следующим параметрам:

в поле DESCRIPTION вносился вариант названия белка:
ribosomal protein L25,
в поле SPECIES - названия организмов, среди которых ведется поиск:
Escherichia coli | | Yersinia pestis | Vibrio cholerae,
или же в поле TAXONOMY - группы рассматриваемых организмов
(грамм-положительные бактерии; все бактерии, кроме грамм-положительных и гамма-протео-бактерий; археи; эукариоты).

Поиск велся по банку данных UniProt, найденные записи просматривались в формате SwissProt.

Часть 3.
Описание выборки

Последовательности включались в выборку в соответствии со следующими критериями:

1. строгое соответствие функции белков эталонной; 2. число последовательностей из каждой серии поиска не превышает трех.