|
Базы данных Prosite, Pfam и Interpro - базы, содержащие в себе информацию об известных доменах, мотивах и других известных функционально важных участках белков. Базы данных построены на разных принципах и служат различным целям.
В основе Prosite лежат относительно короткие паттерны, фиксирующие мотивы функциональных сайтов белков. В последнее время в Prosite налаживается применение PSSM-профилей. Предназначена для поиска в последовательностях участков, соответствующих в белке сайтам определенных функций.
Pfam содержит в себе перечень известных доменов, входящих в состав белков. Поиск доменов производится с помощью HMM-профилей, которые строятся на основе последовательностей, для которых установлено их соответсвие данному домену. Удобна для изучения доменного состава белков, а также свойств и функций его отдельно взятых доменов.
Interpro - интегрированная база данных, объединяющая разного рода информацию из различных баз данных. Полезна в качестве отправной точки при разностороннем изучении свойств и структуры белка.
В задачи текущего занятия входило определение доменного состава белка с помощью б/д Pfam, поиск известных мотивов в его последовательности с помощью Prosite и сбор обзорной информации о последовательности с использованием ресурсов Interpro.
|