Поиск производился по банку данных Swiss-Prot.

Был проведен поиск для трех последовательностей:

1. случайно выбранного участка длиной 30 аминокислот последовательности белка RL25
2. того же самого участка, с внесенными в него тремя заменами (также произвольно выбранными)
3. случайно выбранного участка длиной 10 аминокислот

Последовательность, для которой проводился поиск

Порядковый номер хита

Процент совпадающих остатков в выравнивании

Вес выравнивания

E-value

30 аминокислот (GKGASRRLRAANKFPAIIYGGKEAPLAIEL)

1

100%

60

1e-09

30 аминокислот с 3 заменами (GKGASRRLRAAWKFPAIIYGGWEAWLAIEL)

1

90%

54

6e-08

10 аминокислот (KVKAQDVQRH)

3

3175

10 аминокислот (NKFPAIIYGG)

1

11

Как и следует ожидать, случайная замена трех аминокислот на другие не сильно влияет на результаты поиска. Белки, найденные при первом поиске, найдены также при втором, где к ним добавляются и другие белки. Кроме того результаты рознятся порядком следования хитов. Цена выравнивания введенных последовательностей с найденной последовательностью моего белка при первом поиске - 60, при втором - 54. Большое различие в этих значениях объясняется тем, что были проведены замены аминокислот на далекие.

При проведении поиска гомологов последовательности из десяти аминокислот (KVKAQDVQRH) со значением порога E-value 10000 мой белок приводится третьим в списке из 11 хитов, причем в списке нет больше ни одного рибосомного белка L25 из других организмов и вместо них представлены белки, никак с моим не связанные.

Если для этой же операции использовать другой участок белковой последовательности (участок NKFPAIIYGG из 10 аминокислот), будут получены иные результаты. При E-value 10000 выводятся 25 хитов. Первым в списке значится искомый белок. Далее следуют гомологи и посторонние белки вперемежку.

Результаты говорят о том, что первая последовательность из 10 остатков не является специфичной для моего белка и его гомологов, тогда как вторая, очевидно, является (возможно, благодаря наличию сдвоенных изолейцинов и двух глицинов, также стоящих вместе).

BLAST не является инструментом для поиска ортологов. При проведения поиска по банку данных Swiss-Prot для репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis в числе первых двадцати записей, в названии которых встречалось слово RbsR (т.е. которые потенциально являются ортологами исходного белка) было обнаружено:

1. несколько белков из самого Bacillus subtilis с другими функциями (т.е. не ортологи по определению);
2. белки из других организмов, но также с иными функциями (в то время как для ортологов характерно сохранение функции);
3. белки из других организмов с той же функцией, т.е. возможные ортологи нашего.

Вывод: BLAST не осуществляет сортировку последовательностей на возможные ортологи и неортологи введенной последовательности, в связи с чем для поиска ортологов его использовать неудобно.