Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей
Работа с прoграммами:
|
Последовательности, для которых строилась матрица переходов: EQGKG и QGK. |
Параметры, использовавшиеся при построении матрицы: |
вес совпадения = 2 |
Выравнивание, соответсвующее оптимальному пути: |
|
Вес оптимального пути: 2 |
Последовательности, для которых строилась матрица переходов: FTINAEVRK и TIVRK. |
Параметры, использовавшиеся при построении матрицы: |
вес совпадения = 2 |
Выравнивания, соответсвующие оптимальному и субоптимальному пути: |
|
и |
|
Вес оптимального пути: 6 Вес субоптимального пути: 4 |
MFTINAEVRKEQGKGASRRLRAANKFPAIIYGGKEAPLAIELDHDKVMNM |
и |
AEVRKEQGKGVQRHPYKPKL |
Вторая последовательность построена из двух участков первой. |
Выравнивания matcher, подтверждающие это предположение. |
Первый участок |
6 15 seq1 AEVRKEQGKGASR ::::::::::..: seq3 AEVRKEQGKGVQR 1 10 |
Второй участок |
77 86 seq1 KVKAQDVQRHPYKPKL : ... :::::::::: seq3 KEQGKGVQRHPYKPKL 11 20 |
Номер выравнивания |
Название матрицы замен |
Штраф за открытие делеции |
Штраф за продолжение делеции |
1 |
EBLOSUM62 |
10 |
1 |
2 |
EBLOSUM80 |
1 |
1 |
Первое выравнивание |
seq1 1 MFTINAEVRKEQGKGASRRLRAANKFPAIIYGGKEAPLAIELDHDKVMNM 50 seq3 1 0 seq1 51 QAKAEFYSEVLTIVVDGKEI-KVKAQDVQRHPYKPKLQHIDFVRA 94 .|: |.:.:.|||||||||| seq3 1 AEVRKEQGKGVQRHPYKPKL 20 |
Второе выравнивание |
seq1 1 MFTINAEVRKEQGKGASRRLRAANKFPAIIYGGKEAP-LAIELDHDKVMN 49 ||||||||||. : | : | | | | | seq3 1 AEVRKEQGKGV--Q-R--H--P---Y--K--PKL 20 seq1 50 MQAKAEFYSEVLTIVVDGKEIKVKAQDVQRHPYKPKLQHIDFVRA 94 seq3 20 20 |
Изменение параметра штрафа за первый пропуск напрямую
влияет на общий |
- первое выравнивание сделано таким образом, что число гэпов минимально, |
- второе выравнивание включает в себя большее число гэпов, причем сильно рассредоточенных |
Изменение матрицы замен ведет к сохранению общего вида выравнивания, но
к изменению оценки |
- при использовании матриц, построенных на выравниваниях последовательностей разной |
Главная страница