Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены

Визуализация поверхностей контактов макромолекул средствами PyMOL

С помощью PyMOL были визуализированы контакты макромолекул записи 2PUB банка PDB. Для задания использовалась биологическая единица.

Область цепи A, контактирующая с белковой цепью D

Области белковых цепей, контактирующие с ДНК (цепи B и C)

Области молекул ДНК (цепи B и C), контактирующие с белковыми цепями A и D

Поиск площади контакта при помощи сервера PROTORP

С помощью PROTORP была исследована область контактов белковых цепей A и D записи 2PUB. (Файл с результатами)

Пло данным PROTORP площадь контакта составляет 2562,18 Ų, а вклад гидрофобных взаимодействий составляет 40,62% (если его считать, как процент неполярных аминокислот на интерфейсе).

Гидрофобные домены на интерфейсе взаимодействия белковых мономеров

С помощью сервиса CluD были получены гидрофобные кластеры на поверхности взаимодействия белковых цепей A и D записи 2PUB банка PDB. Опция выбора минимального размера кластера не работает, пришлось вручную удалить кластеры, размеры которых не превосходят 10 атомов. Получилось 6 кластеров. (Результат в виде списка атомов)

Область контакта цепи A с цепью D с выделеными цветом гидрофобными кластерами.

Доменная структура, сервис pDomains

С помощью pDomains была определена доменная структура цепей А двух записей банка PDB: 2PUB и 1J2R. Для записи 1J2R большинство методов определения доменной структуры дали одинаковые результаты, отнеся всю цепь A к одному домену, но метод Dodis разбил цепь на два домена, хотя весьма странным образом:

Результат работы сервиса


Изображение цепи A с раскраской по доменам, согласно Dodis

Для записи 2PUB почти все методы дали хоть немножко отличающиеся результаты, наиболее адекватным кажется результат, полученный с помощью метода dp:

Результат работы сервиса


Изображение цепи A с раскраской по доменам, согласно Dodis (цвета не соответствуют предыдущему изображению)

2010 ^©