Программа PyMOL

Задание 1.

С помощью PyMOL была визуализированна запись банка PDB 1KMY.pdb. В структуре присутствует ион двухвалентного железа Fe²⁺. Были выделены остатки, содержащие атомы, которые располагаются на расстоянии менее 3,5Å от иона железа. Он координирован остатками His 210, His 146 и Glu 260, а так же лигандом BPY 300 (бифенил-2,3-диол).

Ион Fe²⁺ и его окружение

Задание 2.

Была изучена запись банка PDB 1DLP.pdb. Структура была расшифрованна в 1999 году, ее разрешение - 3,30Å. В остатках 136 цепи A и 167 цепи C PyMOL нарисовал лишние связи между атомами (С-N, CB-OD1, CB-ND2 остатка Asn 136 и C-N остатка Arg 167). Это связано с тем, что между этими атомами расстояния удовлетворяют длине связи, установленной по умолчанию в PyMOL. Скорее всего допущены ошибки в координатах атомов этих остатков. В поле REMARK файла PDB с пометкой 480 написано, что координаты атомов этих и еще достаточно многих остатков могут не соответствовать действительности.

Остаток Asn 136 цепи А

Была изучена запись банка PDB 7GPB.pdb. Структура была расшифрованна в 1990 году, ее разрешение - 2,90Å. Запись содержит четыре идентичные полипептидные цепи, в позиции 67 находятся триптофаны, у которых пятичленный и шестичленный ароматический циклы не лежат в одной плоскости, а у остатка из цепи D они лежат в почти перпендикулярных плоскостях. Это никак не отмечено в поле REMARK.

Остаток Trp 67 цепи D

Задание 3.

Для получения изображения из второй части задания 2 был написан скрипт PyMOL:

load 7GPB.pdb
hide all
select trp67, i. 67
select 67D, trp67 and c. D
show sticks, trp67
orient 67D
select atm, D/67/CB
label atm, (resi+" "+resn+" chain "+chain)
set label_color, black
set label_size, 20
set label_position,(0.0,-2.0,2.0)
rotate x,80,all
color red, visible and e. O
color blue, visible and e. N
color green, visible and e. C
bg_color white
set depth_cue,0
ray 600,400
png 7GPB.png
orient trp67
label atm